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猪基因组选择
作者:潘玉春
出版社:中国农业大学出版社
出版时间:2023-03-01
ISBN:9787565529375
定价:¥95.00
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内容简介
本书共分13章。第1章导论介绍了繁育体系的基本概念、育种值的重要性及其估计发展简史,第2-8章介绍基本原理括优线性无偏预测(BLUP)、贝叶斯(Bayes)基因组预测、基因组优线性无偏预测(genomicBLUP,GBLUP)、一步法基因组优线性无偏预测(single-stepgenomicBLUP,ssGBLUP)、基于机器学因组预测、兼顾优势与遗传×环境的基因组育成以及选种与选配;第9-11章介绍开展基因组选择的三大环节——表现组测定、基因组检测、大数据管理;第12-13章介绍联合育种体系建设和利用基因组选择平台选种选配。
作者简介
暂缺《猪基因组选择》作者简介
目录
第1章|导论
1.1选择的基本原理
1.1.1繁育生产体系
1.1.2选种、选配流程
1.1.3育种值的概念
1.1.4选择反应
1.2育种值的传统估计
1.2.1单性状
1.2.2多性状
1.3优线性无偏预测
1.3.1基本原理
1.3.2模型偏差
1.3.3实际应用
1.4标记辅助选择与基因组选择
1.4.1标记辅助选择
1.4.2基因组选择
1.5全国生猪遗传改良计划·
1.5.109-计划
1.5.221-35计划
第2章|优线性无偏预测
2.1单性状BLUP模型
2.1.1模型方法
2.1.2数据演示
2.1.3程序代码
2.2多性状BLUP模型
2.2.1模型方法
2.2.2数据演示
2.2.3程序代码
2.3纵向数据随机回归模型
2.3.1模型方法
2.3.2 数据演示
2.3.3 程序代码
第3章|贝叶斯基因组预测
3.1基因组选择
3.2贝叶斯方法
3.2.1模型
3.2.2 BayesA
3.2.3
3.2.4
3.2.5 Bayes Lasso
3.3案例演示
3.3.1数据
3.3.2使用代码
3.3.3结果分析
第4章|基因组优线性无偏预测
4.1 GBLUP原理
4.1.1小二乘法
4.1.2 SNP-BLUP
4.1.3 GBLUP
4.2基因组亲缘关系矩阵的构建方法
4.2.1 VanRaden法
4.2.2赋权法
4.3考虑显性效应的模型
4.4多性状模型
4.5GBLUP的应用
4.5.1模拟数据
4.5.2基因组预测
第5章|一步法基因组预测
5.GBLUP原理
5.2 G矩阵与A矩阵的兼容性
5.3一步贝叶斯回归法(ssBR)
5.4多性状模型
5.5 多群体ssGBLUP
5.6一步法在猪基因组选择中的应用
5.7基因组选择性及其影响因素
5.7.1基因组选择性的衡量指标
5.7.2影响基因组选择性的因素
第6章|基于机器学因组预测
6.1算法模型·
6.1.1人工神网络
6.1.2决策树
6.1.3集成学
6.1.4 SVM
6.2案例演示
6.3程序代码
第7章|兼顾与遗传X环境互作的基因组预测
7.1兼顾与纯种的预测模式·
7.1.1基于BLUP的兼顾的预测方法
7.1.2兼顾的基因组选择方法
7.2兼顾遗传与环境互作的基因组选择·
7.2.1遗传与环境互作对我国养猪业的影响
7.2.2互作模型
7.2.3多性状模型
7.2.4反应规范模型
7.3实例演示?
7.3.1兼顾的基因组选择
7.3.2兼顾遗传与环境互作的基因组选择
第8章|选种与选配
8.1选种
8.1.1佳贡献选择法
8.1.2优单倍体值法
8.1.3优群体值法
8.1.4前瞻选择法
8.2选配
第9章|表型组测定
9.1围绕育种目标的表型性状
9.1.1繁殖性状
……
11.2.3 胴体与肉质性状.
11.2.4健康性状与环境数据监测
11.2.5 体型外貌·
11.3基因组数据处理规范
原始测序数据质量评估与过滤.
11.3.2 去重(demultiplex)与文库质量评估
11.3.3测序数据到参考基因组的比对:
第12章|联合育种
12.1联合方式
12.1.1繁育体系结构
12.1.2大白猪的联合育种模式
12.1.3长白猪的联合育种模式
12.1.4杜洛克猪的联合育种模式
12.1.5种猪繁育区域布局
12.2基于基因组的跨场亲缘关系矩阵
12.2.1直接构建
12.2.2兼顾各群体遗传结构的构建方法
12.3多群体基因组选择
12.3.1多性状、单一亲缘关系矩阵模型
12.3.2多性状、双亲缘关系矩阵模型
12.4实例演示
12.4.1利用PyAGH软件构建多群体亲缘关系矩阵
12.4.2多群体基因组选择案例
第13章|网络平台
13.1 Alpha index数据资源
13.1.1用于基因组填单体型资源
13.1.2表型资源
13.2 Alpha index应用
13.2.1基因组填和管理平台
13.2.2猪场生产管理
13.2.3育种值计算个性化选择指数制定
13.2.4同态加密基因组选择平台
参考文献
1.1选择的基本原理
1.1.1繁育生产体系
1.1.2选种、选配流程
1.1.3育种值的概念
1.1.4选择反应
1.2育种值的传统估计
1.2.1单性状
1.2.2多性状
1.3优线性无偏预测
1.3.1基本原理
1.3.2模型偏差
1.3.3实际应用
1.4标记辅助选择与基因组选择
1.4.1标记辅助选择
1.4.2基因组选择
1.5全国生猪遗传改良计划·
1.5.109-计划
1.5.221-35计划
第2章|优线性无偏预测
2.1单性状BLUP模型
2.1.1模型方法
2.1.2数据演示
2.1.3程序代码
2.2多性状BLUP模型
2.2.1模型方法
2.2.2数据演示
2.2.3程序代码
2.3纵向数据随机回归模型
2.3.1模型方法
2.3.2 数据演示
2.3.3 程序代码
第3章|贝叶斯基因组预测
3.1基因组选择
3.2贝叶斯方法
3.2.1模型
3.2.2 BayesA
3.2.3
3.2.4
3.2.5 Bayes Lasso
3.3案例演示
3.3.1数据
3.3.2使用代码
3.3.3结果分析
第4章|基因组优线性无偏预测
4.1 GBLUP原理
4.1.1小二乘法
4.1.2 SNP-BLUP
4.1.3 GBLUP
4.2基因组亲缘关系矩阵的构建方法
4.2.1 VanRaden法
4.2.2赋权法
4.3考虑显性效应的模型
4.4多性状模型
4.5GBLUP的应用
4.5.1模拟数据
4.5.2基因组预测
第5章|一步法基因组预测
5.GBLUP原理
5.2 G矩阵与A矩阵的兼容性
5.3一步贝叶斯回归法(ssBR)
5.4多性状模型
5.5 多群体ssGBLUP
5.6一步法在猪基因组选择中的应用
5.7基因组选择性及其影响因素
5.7.1基因组选择性的衡量指标
5.7.2影响基因组选择性的因素
第6章|基于机器学因组预测
6.1算法模型·
6.1.1人工神网络
6.1.2决策树
6.1.3集成学
6.1.4 SVM
6.2案例演示
6.3程序代码
第7章|兼顾与遗传X环境互作的基因组预测
7.1兼顾与纯种的预测模式·
7.1.1基于BLUP的兼顾的预测方法
7.1.2兼顾的基因组选择方法
7.2兼顾遗传与环境互作的基因组选择·
7.2.1遗传与环境互作对我国养猪业的影响
7.2.2互作模型
7.2.3多性状模型
7.2.4反应规范模型
7.3实例演示?
7.3.1兼顾的基因组选择
7.3.2兼顾遗传与环境互作的基因组选择
第8章|选种与选配
8.1选种
8.1.1佳贡献选择法
8.1.2优单倍体值法
8.1.3优群体值法
8.1.4前瞻选择法
8.2选配
第9章|表型组测定
9.1围绕育种目标的表型性状
9.1.1繁殖性状
……
11.2.3 胴体与肉质性状.
11.2.4健康性状与环境数据监测
11.2.5 体型外貌·
11.3基因组数据处理规范
原始测序数据质量评估与过滤.
11.3.2 去重(demultiplex)与文库质量评估
11.3.3测序数据到参考基因组的比对:
第12章|联合育种
12.1联合方式
12.1.1繁育体系结构
12.1.2大白猪的联合育种模式
12.1.3长白猪的联合育种模式
12.1.4杜洛克猪的联合育种模式
12.1.5种猪繁育区域布局
12.2基于基因组的跨场亲缘关系矩阵
12.2.1直接构建
12.2.2兼顾各群体遗传结构的构建方法
12.3多群体基因组选择
12.3.1多性状、单一亲缘关系矩阵模型
12.3.2多性状、双亲缘关系矩阵模型
12.4实例演示
12.4.1利用PyAGH软件构建多群体亲缘关系矩阵
12.4.2多群体基因组选择案例
第13章|网络平台
13.1 Alpha index数据资源
13.1.1用于基因组填单体型资源
13.1.2表型资源
13.2 Alpha index应用
13.2.1基因组填和管理平台
13.2.2猪场生产管理
13.2.3育种值计算个性化选择指数制定
13.2.4同态加密基因组选择平台
参考文献
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