分子生物学实验技术

　　分子生物学技术发展迅速，使得在分子水平解析生命现象、生命本质成为可能。《分子生物学实验技术》聚焦新近分子生物学技术进展编写而成。《分子生物学实验技术》包括七章：第一章CRISPR/Cas9技术，包括基因编辑的概述、小向导RNA（sg RNA）的克隆与鉴定；第二章基因转录调控分析，包括启动子分析、转录因子鉴定及表观遗传调控；第三章非编码RNA分析，涉及非编码RNA的生物信息分析及功能分析；第四章单细胞技术，简述单细胞技术的原理及其应用；第五章蛋白质-蛋白质相互作用分析，包括蛋白质-蛋白质相互作用（protein-protein interaction，PPI）数据库和常用的检测 PPI 的方法；第六章定点诱变与蛋白质翻译后修饰，重点介绍聚合酶链反应（PCR）介导的快速定点诱变、蛋白质小分子泛素相关修饰物蛋白（SUMO）化位点鉴定以及蛋白质泛素化的检测方法；第七章基本生物信息在线工具的使用，包括基因表达总览（Gene Expression Omnibus，GEO）、注释、可视化和整合发现数据库（Database for Annotation，Visualization and Integrated Discovery，DAVID）、细胞景观（cytoscape）、STRING和enrichr等。

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第一章 CRISPR/Cas9技术 1
概述 1
实验1-1 小向导RNA（sgRNA）设计与载体构建 5
实验1-2 重组质粒的转化和单克隆筛选鉴定 14
实验1-3 重组质粒抽提和鉴定 17
实验1-4 细胞转染及阳性克隆鉴定 18
实验1-5 基因编辑效率检测 21
实验1-6 逆转录定量PCR（RT-qPCR）检测目标基因表达 24
实验1-7 蛋白质印迹法（Western blotting）检测目标蛋白的表达 28
第二章 基因转录调控分析 31
概述 31
实验2-1 双萤光素酶报告基因检测 36
实验2-2 染色质免疫沉淀PCR（ChIP-PCR） 40
实验2-3 染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq） 43
实验2-4 靶标的切割和标记（CUT&Tag）实验 44
实验2-5 甲醛辅助鉴定调控元件技术 47
实验2-6 单细胞ATAC-seq 49
实验2-7 重亚硫酸盐全基因组甲基化测序 50
第三章 非编码RNA分析 53
概述 53
实验3-1 长非编码RNA（lncRNA）靶基因预测及功能分析 59
实验3-2 利用在线工具对某一环状RNA（circRNA）进行初步分析 66
实验3-3 circRNA的RT-qPCR检测 71
实验3-4 circRNA过表达及验证 74
第四章 单细胞技术 78
概述 78
实验4-1 视网膜单细胞悬液制备 84
第五章 蛋白质-蛋白质相互作用分析 87
概述 87
实验5-1 酵母双杂交 98
实验5-2 拉下（pull-down）实验 101
实验5-3 免疫共沉淀 103
实验5-4 荧光共振能量转移 106
第六章 定点诱变与蛋白质翻译后修饰 108
概述 108
实验6-1 PCR 介导的快速定点诱变 113
实验6-2 蛋白质小分子泛素相关修饰物蛋白（SUMO）化位点鉴定 115
实验6-3 蛋白质泛素化检测——变性免疫沉淀法 116
实验6-4 蛋白质泛素化检测——镍NTA 亲和层析法 117
实验6-5 蛋白质泛素化检测——体内TUBEs 法119
实验6-6 蛋白质泛素化检测——体外检测法 120
第七章 基本生物信息在线工具的使用 122
概述 122
实验7-1 GEO 数据下载及差异基因分析 123
实验7-2 利用在线工具对差异基因进行聚类分析 131
实验7-3 蛋白质相互作用网络的构建和hub基因筛选 132