芽胞杆菌·第五卷 芽胞杆菌基因组学

　　“芽胞杆菌”系列丛书是基于科学研究的专业学术著作。本书是“芽胞杆菌”丛书的第五卷，共分为五章。第一章基因组测序技术的发展及其应用，综述了基因组测序技术的发展历史以及多种测序技术的原理和流程等，介绍了大规模的人类、动物和植物基因组计划的研究进展和成果。第二章主要生物类群的基因组研究进展，分别介绍了动物、植物和微生物的基因组研究进展，阐述了微生物基因组特征，介绍了几个重要的微生物组研究计划。第三章芽胞杆菌基因组测序进展，系统地总结了芽胞杆菌目的基因组测序进展，对每一种芽胞杆菌的所有菌株的基因组基本信息进行统计，包括菌株名称、测序机构、测序时间、组装水平和 GenBank登录号。第四章芽胞杆菌基因组分类学与系统发育分析，介绍了基因组分类学指标及其在芽胞杆菌分类学上的应用，分别进行了基于全基因组直系同源基因的属、科和目水平的系统发育分析。第五章芽胞杆菌基因组描述，对 671种芽胞杆菌的基因组进行了详细描述。书后列出了 2470余篇参考文献供读者查阅。

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目录
**章基因组测序技术的发展及其应用 1
**节基因组测序技术的发展 1
一、基因组测序技术发展历程中的关键事件 1
二、早期的生物大分子测序技术 4
三、**代自动化 DNA测序技术 10
四、第二代高通量 DNA测序技术 15
五、第三代纳米孔单分子 DNA测序技术 30
第二节基因组测序技术的应用与基因组研究计划 35
一、概述 35
二、人类基因组相关的研究计划与精准医学 36
三、动物基因组研究计划 41
四、植物基因组研究计划 44
五、地球生物基因组计划 45
第二章主要生物类群的基因组研究进展 47
**节基因组研究的两个发展时期 47
一、基因组测序的缓慢发展期 47
二、基因组测序的井喷式发展期 48
第二节动物界基因组研究进展 49
一、动物界的分类概况与基因组大小 49
二、原生动物门的基因组测序 49
三、中生动物门的基因组测序 51
四、多孔动物门的基因组测序 52
五、扁盘动物门的基因组测序 52
六、刺胞动物门的基因组测序 52
七、栉水母动物门的基因组测序 54
八、扁形动物门的基因组测序 54
九、纽形动物门的基因组测序 56
十、轮虫动物门的基因组测序 56
十一、腹毛动物门的基因组测序 56
十二、线虫动物门的基因组测序 57
十三、鳃曳动物门的基因组测序 59
十四、内肛动物门的基因组测序 59
十五、环节动物门的基因组测序 60
十六、缓步动物门的基因组测序 60
十七、有爪动物门的基因组测序 61
十八、节肢动物门的基因组测序 61
十九、软体动物门的基因组测序 69
二十、腕足动物门的基因组测序 71
二十一、帚虫动物门的基因组测序 71
二十二、棘皮动物门的基因组测序 71
二十三、半索动物门的基因组测序 72
二十四、脊索动物门的基因组测序 73
第三节植物界基因组测序进展 92
一、种子植物门的分类概况 92
二、裸子植物亚门的基因组测序 97
三、双子叶植物纲或木兰纲的基因组测序 97
四、单子叶植物纲或百合纲的基因组测序 106
五、其他植物的基因组测序 109
第四节微生物基因组的研究进展 111
一、微生物基因组测序进展 111
二、细菌基因组结构特点 114
三、微生物的全基因组测序计划 120
四、微生物组计划 122
第三章芽胞杆菌基因组测序进展 133
**节芽胞杆菌基因组测序的基础信息 133
第二节芽胞杆菌目各分类阶元的基因组测序进展 299
一、科水平的基因组测序情况 299
二、属水平的基因组测序情况 303
三、蜡样芽胞杆菌群的基因组测序情况 305
四、枯草芽胞杆菌群的基因组测序情况 307
五、种水平的基因组测序情况 308
第三节参与芽胞杆菌基因组测序的国家和机构 313
一、参与芽胞杆菌基因组测序的国家 313
二、参与芽胞杆菌基因组测序的机构 315
三、进行了大量基因组重测序的机构 316
四、特别关注某些特定种类基因组的机构 317
第四节芽胞杆菌基因组测序在年份上的进展 317
第五节芽胞杆菌基因组的拼接组装水平统计 318
第四章芽胞杆菌基因组分类学与系统发育分析 320
**节细菌传统分类学与基因组分类学 320
一、细菌分类学 320
二、芽胞杆菌的多相分类学 321
三、基因组分类学 324
第二节芽胞杆菌基因组分类学研究 327
一、基于基因组分类指标的芽胞杆菌新种鉴定 327
二、基于全基因组的芽胞杆菌种类的重分类研究 331
第三节基于全基因组直系同源基因的芽胞杆菌系统发育分析 334
一、基于全基因组直系同源基因的芽胞杆菌科系统发育分析 334
二、基于全基因组直系同源基因的脂环酸芽胞杆菌科系统发育分析 363
三、基于全基因组直系同源基因的类芽胞杆菌科系统发育分析 366
四、基于全基因组直系同源基因的显核菌科/动球菌科系统发育分析 376
五、基于全基因组直系同源基因的嗜热放线菌科系统发育分析 385
六、基于全基因组直系同源基因的芽胞杆菌目系统发育分析 386
七、讨论 393
第五章芽胞杆菌基因组描述 397
**节芽胞杆菌科基因组描述 397
一、芽胞杆菌属 397
二、好氧芽胞杆菌属 621
三、碱芽胞杆菌属 622
四、碱球菌属 623
五、交替芽胞杆菌属 625
六、兼性芽胞杆菌属 628
七、居盐水芽胞杆菌属 630
八、热碱芽胞杆菌属 631
九、热芽胞杆菌属 632
十、居热土菌属 634
十一、房间芽胞杆菌属 635
十二、假芽胞杆菌属 645
十三、虚构芽胞杆菌属 647
十四、地芽胞杆菌属 655
十五、纤细芽胞杆菌属 670
十六、喜盐碱芽胞杆菌属 681
十七、喜盐芽胞杆菌属 682
十八、盐乳杆菌属 695
十九、解氢芽胞杆菌属 699
二十、慢生芽胞杆菌属 700
二十一、海洋芽胞杆菌属 707
二十二、海洋球菌属 708
二十三、高钠芽胞杆菌属 712
二十四、大洋芽胞杆菌属 713
二十五、鸟氨酸芽胞杆菌属 735
二十六、副地芽胞杆菌属 739
二十七、海境芽胞杆菌属 744
二十八、少盐芽胞杆菌属 748
二十九、海洋杆菌属 751
三十、鱼芽胞杆菌属 752
三十一、海芽胞杆菌属 754
三十二、假纤细芽胞杆菌属 760
三十三、类似芽胞杆菌属 762
三十四、红发婴儿菌属 763
三十五、盐小杆菌属 764
三十六、盐微菌属 766
三十七、盐渍芽胞杆菌属 772
三十八、盐沼芽胞杆菌属 774
三十九、居盐杆菌属 779
四十、盐沉积物小杆菌属 781
四十一、居盐土芽胞杆菌属 783
四十二、栖盐水芽胞杆菌属 785
四十三、沉积物芽胞杆菌属 787
四十四、链喜盐芽胞杆菌属 791
四十五、细纤芽胞杆菌属 792
四十六、微温芽胞杆菌属 793
四十七、土地芽胞杆菌属 795
四十八、深海芽胞杆菌属 800
四十九、枝芽胞杆菌属 802
五十、火山芽胞杆菌属 823
第二节脂环酸芽胞杆菌科基因组描述 824
一、脂环酸芽胞杆菌属 824
二、多变芽胞杆菌属 842
三、科鲁比蒂斯氏菌属 845
四、硫化芽胞杆菌属 847
五、膨胀芽胞杆菌属 851
第三节类芽胞杆菌科基因组描述 855
一、嗜氨菌属 855
二、解硫胺素芽胞杆菌属 857
三、短芽胞杆菌属 864
四、科恩氏菌属 882
五、溪苔芽胞杆菌属 889
六、大猩猩小杆菌属 891
七、类芽胞杆菌属 894
八、糖芽胞杆菌属 1042
九、嗜热芽胞杆菌属 1044
第四节巴斯德氏柄菌科基因组描述 1046
巴斯德氏柄菌属 1046
第五节动球菌科基因组描述 1047
一、哈格瓦氏菌属 1047
二、金黄微菌属 1051
三、咸海鲜芽胞杆菌属 1052
四、库特氏菌属 1059
五、赖氨酸芽胞杆菌属 1066
六、类芽胞束菌属 1096
七、动球菌属 1099
八、动微菌属 1116
九、嗜冷芽胞杆菌属 1121
十、鲁梅尔芽胞杆菌属 1124
十一、土壤芽胞杆菌属 1127
十二、芽胞束菌属 1131
十三、尿素芽胞杆菌属 1139
十四、绿芽胞杆菌属 1140
第六节芽胞乳杆菌科基因组描述 1143
一、垃圾芽胞杆菌属 1143
二、中华球菌属 1144
三、芽胞乳杆菌属 1145
四、肿块芽胞杆菌属 1153
第七节嗜热放线菌科基因组描述 1154
一、芽胞链菌属 1154
二、克罗彭施泰特氏菌属 1155
三、莱西氏菌属 1158
四、徐丽华菌属 1160
五、海洋丝菌属 1162
六、迈勒吉尔霉菌属 1164
七、新建芽胞杆菌属 1167
八、湿地丝菌属 1168
九、平螺纹丝菌属 1169
十、李城彬菌属 1172
十一、制野氏菌属 1173
十二、岛津氏菌属 1174
十三、嗜热放线菌属 1176
十四、嗜热黄微菌属 1178
第八节未定科芽胞杆菌基因组描述 1181
一、酸芽胞杆菌属 1181
二、脱硫芽胞杆菌属 1183
参考文献 1186
附录芽胞杆菌系统分类纲要 1367
**节概述 1367
一、已知的细菌和古菌门 1367
二、厚壁菌门 1367
三、芽胞杆菌纲 1368
四、芽胞杆菌目 1368
第二节脂环酸芽胞杆菌科分类纲要 1369
一、脂环酸芽胞杆菌属（Alicyclobacillus Wisotzkey et al. 1992，gen. nov.） 1369
二、多变芽胞杆菌属（Effusibacillus Watanabe et al. 2014，gen. nov.） 1371
三、科鲁比蒂斯氏菌属（Kyrpidia Klenk et al. 2011，gen. nov.） 1371
四、硫化芽胞杆菌属（ Sulfobacillus Golovacheva and Karavaiko 1991，gen. nov.） 1371
五、膨胀芽胞杆菌属（Tumebacillus Steven et al. 2008，gen. nov.） 1372
第三节芽胞杆菌科分类纲要 1372
一、好氧芽胞杆菌属（ Aeribacillus Mi.ana-Galbis et al. 2010，gen. nov.） 1372
二、艾丁芽胞杆菌属（Aidingibacillus Wang et al. 2018，gen. nov.） 1373
三、异芽胞杆菌属（Aliibacillus Xu et al. 2018，gen. nov.） 1373
四、碱芽胞杆菌属（Alkalibacillus Jeon et al. 2005，gen. nov.） 1373
五、碱球菌属（Alkalicoccus Zhao et al. 2017，gen. nov.） 1373
六、别样芽胞杆菌属（Allobacillus Sheu et al. 2011，gen. nov.） 1374
七、交替芽胞杆菌属（Alteribacillus Didari et al. 2012，gen. nov.） 1374
八、兼