动物育种中的统计计算（第二版）

　　自《动物育种中的统计计算：Julia语言应用》第一版于2016年出版以来，得到业界同行的一致肯定。五年来动物育种领域又有了许多新的进展．Julia语言也已经由0.4版发展到现在的1.6版。国内也有了Julia语言的专门讨论社区，Julia语言的语法发生了许多变化，已有的许多代码不能够顺利运行。《动物育种中的统计计算（第二版）》是第二版，将原有代码用Julia 1.6进行了改写，并补充许多新的内容和代码，主要有Julia语言新的语法、基因组分析代码实例、稀有变异模拟及分析代码、非加性效应模拟及分析代码、Julia语言和R语言混合编程等内容。应许多读者要求，提供全书大部分章节的源代码。但是，由于撰写时间有限，没有涉及机器学习（深度学习）及并行计算方面的内容，在这两个领域快速发展的时代，确实是一种遗憾，有待在下一版本或其他论著中进一步完善。《动物育种中的统计计算（第二版）》的出版发行获得国家自然科学基金项目（31760660）、内蒙古自治区自然科学基金项目（2019MS03092）、内蒙古自治区肉羊遗传评估方法与应用工程技术研究中心、河套学院引进人才科研启动项目（HYRC2014003）、内蒙古自治区高等学校“青年科技英才支持计划”（NJYT-17-A21）、巴彦淖尔市科技创新基金项目、巴彦淖尔市科技计划项目（BK22016）、河套学院“教师教”和“学生学”专项研究项目（HTXYJXY18018）、内蒙古自治区科技计划项目（2020GG0201）、巴彦淖尔市科协飞翔计划、内蒙古自治区科技厅项目巴彦淖尔市肉羊遗传评估云平台构建（2020GG0201）、河套学院畜牧业大数据研究中心、巴彦淖尔市肉羊育种能力建设博士科研工作站等项目支持。

暂缺《动物育种中的统计计算（第二版）》作者简介

第一章 Julia语言使用说明
第二章 系谱数据处理方法
第一节 近交系数与亲缘系数
第二节 分子血缘相关矩阵及其逆矩阵计算
第三节 计算实例
第三章 动物遗传育种中的数据模拟
第一节 随机数和随机变量的产生
第二节 误差计算
第三节 使用Julia语言模拟数据
第四节 计算实例
第五节 基因组模拟软件XSim
第四章 线性模型的建立和求解
第一节 单因子模型
第二节 二因子模型
第三节 建立Henderson混合模型方程组
第四节 稀疏矩阵使用
第五章 线性模型的扩展
第一节 有重复记录的动物模型
第二节 母体效应模型
第六章 多性状模型优势
第一节 多性状模型
第二节 Julia语言实现MT模型
第三节 带有缺失数据的多性状模型
第七章 分子标记和多基因效应单性状模型
第一节 标记辅助选择
第二节 混合模型方程组的储存技术
第三节 Julia语言示例
第八章 MCMC算法
第一节 贝叶斯统计
第二节 Julia语言的实现
第三节 贝叶斯统计在多元线性模型中的应用
第四节 贝叶斯统计示例
第五节 多性状模型的Gibbs抽样
第六节 思考题解答
第九章 全基因组连锁及关联分析
第一节 考虑稀有变异非加性效应的基因组分析
第二节 多元混合线性模型
第三节 贝叶斯GWAS
第四节 单步全基因组分析方法
第五节 GBLUP的准确性
第六节 Julia语言示例
第十章 附录
第一节 线性模型简介
第二节 基于系谱的混合线性模型
第三节 预测SNP效应的固定效应模型
第四节 结合有基因型和无基因型家畜数据
第五节 贝叶斯GWAS
第六节 统计基因组学基础
第七节 Julia和R语言混合编程解决稀有变异关联研究问题
参考文献