数字PCR：方法和方案（中文翻译版）

　　通过多聚酶链式反应（PCR）对单条的特异DNA或RNA分子进行检测和处理的能力使得我们对生物学的了解和对其进行影响的可能性都有了革命性的改变。这项令人瞩目的技术在过去的20多年来不断的得到了改进，提高了对目的靶点的检出和定量能力。数字PCR是PCR技术最古老和*新的应用，而且伴随着可扩展的基于微滴的数字PCR的技术革新，该技术为很多研究和临床实践领域都需要进一步提高的应用、准确度、特异性和可重复性都带来了更大的便捷。本书将会提供一些指引，并且展示这项技术如何有助于在以下方面取得深入进展：传染病；癌症的进化和对治疗的反应；基因组的结构性变化与相关表型；体细胞嵌合体的发病率；基因组编辑和细胞治疗；胎儿、组织和肿瘤状态的非侵袭性血液监测；环境监测；以及病原菌和转基因的食品检测。对于这些各不相同的应用，本书会详细叙述帮助使用者实现准确性和敏感性需求的最佳实验设计，针对不同的靶点类型和样品类型进行方法学设计的考虑，以及对于数据分析和解释的深入了解。本书还会介绍与样品划分相关的一些其他益处，例如靶点大小的确认以及单体型分析的相关检测。本书将会为很多专业人士提供帮助，包括与基础和转化研究相关的遗传学家，分子生物学家，病毒学家，免疫学家，肿瘤学家，病理学家以及临床医生和诊断专家，还有那些对应用和环境科学感兴趣的学者。

　　刘毅，博士，解放军总医院肿瘤医学部 郭永，博士，清华大学生物医学工程系

目录
第Ⅰ部分 概念背景
第1章 进入21世纪分子生物学工具的神殿：数字PCR的前景 3
第2章 数字PCR检测的基本概念和验证 9
第3章 数字PCR中计算统计的基础：只测量两个靶点拷贝——这意味着什么 20
第4章 评估血浆中循环游离DNA提取物的质控品和数字PCR方法 35
第Ⅱ部分 绝对定量
第5章 用于转基因玉米事件定量的多重微滴数字PCR方案 55
第6章 采用微滴数字PCR检测临床样本中人类疱疹病毒6A与6B型的共感染 77
第7章 脑脊液中的生物标志物：通过数字PCR分析游离循环线粒体DNA 87
第8章 在水中检测常规和人类相关粪便的污染 99
第Ⅲ部分 拷贝数变异
第9章 采用微滴数字PCR分析拷贝数变异 113
第10章 在血浆cfDNA中评估HER2扩增 126
第11章 采用微滴数字PCR在原发体细胞组织中对嵌合体基因组DNA变异进行检测和定量：分析嵌合体转座元件插入、拷贝数变异和单核苷酸变异 136
第Ⅳ部分 稀有突变和稀有等位基因的检测
第12章 采用微滴数字PCR在EGFR突变的肺癌患者血浆中监测疗效和耐药 153
第13章 在早期和转移性乳腺癌患者中检测癌症DNA 165
第14章 采用微滴数字PCR在成熟淋巴组织增殖性疾病中检测微小疾病残留 180
第15章 采用QuantStudioTM 3D数字PCR系统对JAK2 V617F等位基因负荷进行定量 204
第16章 采用数字PCR对稀有等位基因进行定量的新型多重策略 218
第17章 鉴别和使用个体化的基因组标志物进行循环肿瘤DNA的监测 239
第18章 单色多重微滴数字PCR拷贝数检测和单核苷酸变异分型 255
第19章 一种用一组预选的SNP监测移植后健康的通用微滴数字PCR方法 264
第20章 采用微滴数字PCR对内源性基因座的基因组编辑所导致的HDR和NHEJ进行检测和定量 276
第21章 采用微滴数字PCR进行DNA甲基化分析 288
第Ⅴ部分 基因表达和RNA定量
第22章 采用微滴数字PCR进行多个选择性剪切mRNA转录本的同时定量 307
第23章 采用微滴数字PCR分析等位基因特异RNA的表达 318
第24章 采用五重微滴数字PCRTM方法对极低丰度的单细胞转录本进行定量 335
第25章 采用微滴数字PCR对循环MicroRNA进行定量 352
第26章 采用微滴数字PCR对血浆和血清中的细胞外MicroRNA进行绝对定量：癌症生物标志物hsa-miR-141的定量 363
第Ⅵ部分 分隔的其他用途
第27章 微滴数字PCR用于二代测序文库的质控检测 379
第28章 使用数字PCR定相DNA标志物 389
第29章 ddTRAP：一种敏感且准确定量端粒酶活性的方法 407
第30章 采用微滴数字PCR的分隔功能进行高效和可靠的DNA适配体分选：Hi-Fi SELEX方法 421