Olex2软件单晶结构解析及晶体可视化

　　《Olex2软件单晶结构解析及晶体可视化》介绍单晶解析基础理论，应用图形界面化程序Olex2 为平台，解析单晶结构。运用包括最通用和经典的 Direct Methods，Patterson Method 两种算法，以及新发展的 Charge Flipping，Intrinsic Phasing，Structure Expansion 和 Dual Space 算法，展示新算法在解析结构方面的优势。并进一步提供同步辐射测试数据以及不同衍射仪原始图片数据还原的处理方法。介绍基于 olex2 插件包括 drawplus，reportplus等的使用，逐步实现晶体的解析各种晶体学信息的提取及自动生成发表文章所需要的各种表格及数据。提供实例讲解解析晶体结构的完整过程。

　　魏永革，北京大学化学系理学博士，美国密苏里大学-堪萨斯城分校化学系博士后，现任清华大学化学系教授、博士生导师，国家杰出青年基金获得者。曾兼任中国晶体学会理事、中国晶体学会小分子专业委员会委员。主要从事多金属氧簇的合成、结构与化学修饰、多金属氧簇有机衍生物化学、多金属氧簇的可控分子组装与超分子自组装、分子磁学与分子基磁性材料、光电活性的有机/无机杂化分子材料等研究。主持完成国家自然科学基金重大研究计划培育项目“多金属氧簇亚胺杂化分子光电转换晶态材料的设计合成与性能研究”，国家自然科学基金杰出青年科学基金项目“多金属氧簇及其有机衍生物化学”、国家自然科学基金面上项目“Anderson型多金属氧簇的不对称修饰及可控组装研究”、“有机无机杂化的新颖手性多金属氧簇材料的设计合成与性能研究”、“多金属氧簇脂肪亚胺衍生物与多金属氧簇簇促进的碳氢键活化和官能团化”、“多金属氧簇纳米簇与金属纳米簇的合成、结构、组装与性能”等5项，国家自然科学青年基金项目“多金属氧簇类化合物的化学修饰-多钼-氧簇的氮配体官能团化”等。发表SCI收录论文150余篇，获得授权发明专利10余项。

第1章 Olex2软件的介绍、配置、优缺点及引用 1
1.1 Olex2软件的介绍 2
1.2 Olex2的配置 2
1.3 Olex2的图形化界面及各个选项卡和按钮的作用 3
1.4 Olex2基本操作 13
1.5 Olex2的优缺点 15
1.6 Olex2的引用 16
1.7 Olex2 的更新 16

第2章 单晶衍射点数据APEX3与CrysAlisPro还原流程 17
2.1 APEX3数据还原过程 18
2.2 CrysAlispro数据还原过程 28

第3章 Olex2软件单晶结构解析整体流程 43
3.1 建立文件夹，运行XPREP程序 44
3.2 利用Solve进行初解结构 49
3.3 利用Refine进行结构精修 52
3.4 给原子进行编号、排序 54
3.5 原子加氢 55
3.6 精修权重 57
3.7 解析的合理性 58
3.8 生成cif文件及检测cif文件 59
3.9 产生结构信息报告 61
3.10 总结 62

第4章 解析实例 63
4.1 利用Solve-ShelXS中的重原子法Patterson Method进行解析 64
4.2 置换无序处理 79
4.3 手性晶体绝对构型的确定与翻转 91
4.4 孪晶及孪晶矩阵拆分 99
4.5 无序的处理及限制命令的应用 108
4.6 晶体空间群变换及对称性检查 115

第5章 cif文件的详细解析、检测及CCDC号的申请 123
5.1 cif格式详细讲解 124
5.2 cif文件的检测 133
5.3 cif检测出现的A、B等类警告的讲解 136
5.4 一些常见A类警告及解决办法 140
5.5 CCDC号的申请 143
5.6 CCDC、ICSD的使用 149

第6章 晶体结构画图 157
6.1 ShelXTL软件画图 158
6.2 Diamond软件画图 170
6.3 Mercury软件画图 175

第7章 三维拓扑结构分析 177
7.1 [Ln(H2O)7][Ln(H2O)5][Co2Mo10H4O38]拓扑结构分析 178
7.2 (C2N2H10)2[Sr(H2O)5][Co2Mo10H4O38]·2H2O拓扑结构分析 186
7.3 (C2N2H10)2[Ba(H2O)3][Co2Mo10H4O38]·3H2O拓扑结构分析 191

参考文献 198