常用计算机辅助药物设计软件教程

　　计算机辅助药物设计已成为一门新兴的研究领域，在合理药物设计中发挥不可或缺的作用。《常用计算机辅助药物设计软件教程》依据实际工作中各种软件的应用，介绍了分子动力学模拟、分子对接、蛋白质同源模建、定量构效关系的研究、药效团的构建、虚拟筛选等内容，且每一内容有不止一个软件的使用介绍，适合入门计算机辅助药物设计的广大师生参考使用。

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第一章 同源模建法预测蛋白质结构
第一节 同源模建概述
第二节 同源模建
第二章 分子对接预测结合位点
第一节 利用AutoDock进行分子对接
第二节 利用D0CK进行分子对接
第三节 利用Surflex-Dock进行分子对接
第四节 利用GOLD进行分子对接
第三章 蛋白质与核酸的分子动力学模拟
第一节 分子动力学概述
第二节 利用GROMACS进行纯蛋白分子动力学模拟
第三节 蛋白与小分子复合物的动力学模拟
第四节 核酸分子动力学模拟
第四章 利用OpenEye组件包进行虚拟筛选
第一节 软件简介
第二节 利用OpenEye组件包进行虚拟筛选
第五章 定量构效关系分析
第一节 CoMFA&CoMSIA
第二节 HQsAR
第六章 药效团
第一节 药效团介绍
第二节 利用Discovery Studio进行药效团模型构建
第七章 全新药物设计
第一节 概述
第二节 利用LigBuilder进行全新药物设计
第八章 作图软件PyMOL的应用
第一节 PyMOL简介
第二节 PyMOL基本操作
第九章 药物设计实例
第一节 利用OpenEye发现F．tularensis烯酰基载体蛋白还原酶FabI抑制剂
第二节 基于模建结构的虚拟筛选发现对虾黄头病毒蛋白酶抑制剂
第三节 基于药效团建模和分子对接的虚拟筛选发现？-分泌酶抑制剂
参考文献
彩图