生物信息学学习指导及习题集（八年制配教）

　　李霞、李亦学主编的《生物信息学学习指导及习题集》第2版是“十二五”普通高等教育本科规划教材《生物信息学》第2版的配套教材。各章与主教材保持一致，合并第1版“双序列比对”、“多序列比对”两章为“序列比对”；合并第1版“序列特征分析”、“表达序列分析”两章为“序列特征分析”；合并第1版“蛋白质分析与蛋白质组学”、“蛋白质结构分析”两章为“蛋白质组与蛋白质结构分析”；新增非编码RNA与复杂疾病的生物信息学研究、新一代测序、“组学”研究等前沿热点。每一章包含学习目标、知识要点、复习思考题和参考答案与题解，内容全面，重点突出。旨在于帮助学生在理论学习基础上，增强实践运用能力，自测学习效果。本书适合学生同步复习、准备课程考试及准备执业医师考试等。

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第一章 生物序列资源
学习目标
知识要点
一、引言
二、NCBI数据库与数据资源
三、LICSC基因组浏览器与数据资源
四、EMBL-EBI数据库与数据资源
五、重要的非编码基因数据库
复习思考题
一、名词解释
二、问答题
答案与题解
第二章 序列比对
学习目标
知识要点
一、引言
二、比对算法概要
三、数据库搜索
四、比对软件、参数与数据资源
五、比对技术的发展
复习思考题
一、选择题
二、名词解释
三、问答题
四、上机实践
答案与题解
第三章 序列特征分析
学习目标
知识要点
一、引言
二、DNA序列特征分析
三、蛋白质序列特征分析
四、RNA序列与结构特征分析
五、表达序列特征分析
复习思考题
一、选择题
二、名词解释
三、问答题
四、上机实践
答案与题解
第四章 分子进化分析
学习目标
知识要点
一、引言
二、系统发生树分析与重建
三、核苷酸和蛋白质的适应性进化
四、分子进化与生物信息学
复习思考题
一、选择题
二、问答题
三、计算题
答案与题解
第五章 基因芯片数据分析
学习目标
知识要点
一、引言
二、基因表达的测定平台、数据库
三、数据的预处理、差异表达分析
四、基因芯片数据的聚类或分类分析
五、基因表达分析的常用软件
复习思考题
一、选择题
二、问答题
三、上机实践
答案与题解
第六章 蛋白质组与蛋白质结构分析
学习目标
知识要点
一、引言
二、蛋白质组数据的获取与分析
三、蛋白质结构的预测
四、蛋白质结构数据库
五、蛋白质功能分析
六、蛋白质结构异常与疾病
复习思考题
一、选择题
二、名词解释
三、问答题
四、上机实践
答案与题解
第七章 基因注释与功能分类
学习目标
知识要点
一、引言
二、基因注释数据库
三、基因集功能富集分析
四、基因功能预测
复习思考题
一、选择题
二、问答题
三、上机实践
答案与题解
第八章 转录调控的信息学分析
学习目标
知识要点
一、引言
二、转录因子结合位点的信息学预测方法
三、转录调控相关数据库
复习思考题
一、选择题
二、名词解释
三、问答题
四、上机实践
答案与题解
第九章 生物分子网络和通路
学习目标
知识要点
一、生物分子网络概述
二、生物分子网络分析
三、生物分子网络重构
复习思考题
一、选择题
二、名词解释
三、问答题
四、上机实践
答案与题解
第十章 计算表观遗传学
学习要点
内容要点
一、引言
二、基因组的DNA甲基化
三、组蛋白修饰的表观基因组
四、基因组印记
五、表观遗传学数据库和软件
复习思考题
一、选择题
二、名词解释
三、问答题
答案与题解
第十一章 复杂疾病的分子特征与计算分析
学习目标
知识要点
一、引言
二、复杂疾病的分子特征与数据资源
三、复杂疾病的遗传易感与遗传定位分析
四、常用的集成软件工具
复习思考题
一、选择题
二、名词解释
三、问答题
四、上机实践
答案与题解
第十二章 非编码RNA与复杂疾病
学习目标
知识要点
一、miRNA的特点及作用机制
二、miRNA靶基因预测
三、IncRNA及作用机制
四、ncRNA主要数据资源
五、ncRNA多态性分析
六、利用ncRNA表达谱研究复杂疾病
七、复杂疾病非编码RNA的计算识别
复习思考题
一、选择题
二、问答题
三、上机实践
答案与题解
第十三章 新一代测序技术与复杂疾病研究
学习目标
知识要点
一、引言
二、新一代测序技术概述
三、DNA测序技术及应用
四、RNA测序技术与数据分析
五、ChIP-seq技术原理及分析方法
六、新一代测序技术在其他领域应用
复习思考题
一、选择题
二、名词解释
三、问答题
四、上机实践
答案与题解
第十四章 药物生物信息学
学习目标
知识要点
一、引言
二、药物靶标的信息学识别
三、药物基因组学及其临床研究策略
四、药物基因组相关生物信息资源
五、基于药物基因组的个体化药物治疗
复习思考题
一、名词解释
二、选择题
三、问答题
四、上机实践
答案与题解