一天，菲发现一张“绿宝石眼”古老藏宝图后，杰罗尼摩、菲和赖皮便一起开始了一段紧张刺激的寻宝之旅。但是寻宝之旅并不顺利，一波三折，险象环生，先是遭遇海上大风暴，再是发现藏宝图本身就是一个谜，要解开藏宝图里的秘密并不是一件容易的事。最后，凭借杰罗尼摩非凡的智慧和超强的能力，他们终于到达了目的地。然而，还是找不到所谓的绿宝石眼。难道是杰罗尼摩的判断出了问题？难道藏宝图本身是个玩笑？其实都是，又都不是。那么最后他们到底有没有找到“绿宝石眼”呢？

杰罗尼摩最近遇到一个严重的问题：他恐惧一切，变得神经兮兮的。菲、赖皮和本杰明出于对杰罗尼摩的健康考虑，决心帮助他克服这个毛病。他们诱骗他签了一份合同，逼他去参加一个名叫“鼠胆神威”的热带丛林训练课程。于是，杰罗尼摩不得不和其他四个倒霉的鼠友一起背着超重的行囊徒步走在阴森森的原始热带丛林里，还得不断接受各种出其不意的非鼠的挑战。当最后圆满完成挑战任务时，杰罗尼摩已经脱胎换骨，。拙克暇了所有胆小恐惧的毛病，”当然他还是害怕猫，因为他是一只老鼠嘛！

身心疲惫的杰罗尼摩决定给自己一个休假。懵懵懂懂中，他接受了赖皮一个朋友开的旅行社替他安排的行程，由此开始了一系列令他啼笑皆非的倒霉旅行：在一架破飞机上熬过了一段令人崩溃的时间，再来一个20英里穿越森林里的自助脚踏车旅行，历经艰辛终于到达了目的地，却发现这里满是污秽不堪的家具，虱飞四处的破床，满是蟑螂的卫生间，锈迹斑斑的浴缸，充满猫尿味的食品，还有那些令人胆战心惊的旅游项目……这哪是什么休假，简直就是一场真要命的噩梦！

杰罗尼摩半夜接到赖皮从神秘古堡打来的紧急电话，于是，他决定和菲、本杰明前往位于鼠坦尼亚的古堡实施“营救计划”。原来，赖皮通过一家专门研究“家谱树”的机构发现自己可能是贵族老鼠车皮·卓彭公爵的后代，因此前来古堡调查。与此同时，杰罗尼摩他们发现，城堡的主人——鼠托夫伯爵和他的侄女艾丝卓娜行为异常古怪，不仅爱穿长长的斗篷、吊挂着睡觉，而且还喜欢喝一种浓稠得像鲜血一样的液体，令人感到既恐惧又好奇。在经历一系列事件后，真相终于大白：原来伯爵和他的侄女都是蝙蝠，怪不得他们如此“古怪”呢！

整个家族都在为杰罗尼摩·斯蒂顿现在不写书而感到烦恼。一天晚上，杰罗尼摩接到一个电话，被邀请去骷髅头城堡宣读科学怪鼠爷爷的遗嘱。杰罗尼摩拒绝了，但却被多愁·黑暗鼠强行带到骷髅头城堡里。在那儿，他遇见了难以置信的奇怪的家族成员，并看到了许许多多的奇隆现象。在城堡里经历过无数次冒险之后，终于到读遗嘱的时间了。但是他们都非常吃惊，科学隆鼠爷爷并没有死，他只是陷入了昏睡之中……杰罗尼摩回到家后，决定写一本关于黑暗鼠家族秘密的书。他发现，其实这是一个充满了爱的家族。

杰罗尼摩一家被邀请去吝啬鼠城堡参加萨缪尔·守财鼠叔叔的儿子史蒂文的婚礼。但萨缪尔叔叔是最最吝啬的老鼠！他用一点点食物来招待大家：一颗干瘪的豌豆、腐烂的烤香蕉皮，就连客人们洗澡也只能用一丁点儿水！更糟糕的是，未婚夫对待未来的新娘——只忧伤、近视、其貌不扬的老鼠裴金丝，就像仆人一样。最岳在杰罗尼摩、菲和赖皮的帮助下，把裴金丝打扮成了一只拥有足够自信的、绝顶美丽的老鼠，并取消了婚礼，她们一起回到了妙鼠城，开始新的生活。

工作的失误让杰罗尼摩•斯蒂顿被迫逃离妙鼠城，与赖皮、菲和本杰明一同踏上了寻找“漂移银岛”的热气球之旅。谁知，途中却被一群海盗猫擒获，还差点沦为盘中美味！原来，他们要找的根本不是一个装满银子的小岛，而是一艘银白色的西班牙海盗船——银爪号。在本杰明的提醒下，他们设法逃出了囚室，并成功将海盗猫们困在了孤岛上。后来，他们还发现了藏在船上的秘密宝库，找回了海盗猫在猫鼠大战时期从老鼠岛上抢走的古老银圆。回来后，斯蒂顿一家立刻成了妙鼠城的大英雄。当然，杰罗尼摩所犯的错误也都被大家谅解了。

一个偶然的机会，杰罗尼摩得到一个消息：博物馆珍藏的一幅由达·芬鼠创作的名画——《蒙娜丽鼠》，在被送往实验室进行X光检验时，发现它的画面中有什么东西隐，藏着。斯蒂顿家族决心揭开这个谜团。经过反复核实和实地调查，他们根据提示发现了每一条线索中暗藏着的信息，最后找到11个字母，并破解了这个谜团。最终他们在“唱歌石广场”发现了一个重大秘密……为此本杰明、菲、赖皮还有杰罗尼摩被授予了最崇高、威仪的奖章。

杰罗尼摩·斯蒂顿已经迫不及待地要休假了。但是种种倒霉的事让他一再耽误航班——印刷机出现故障、仓库被水淹、糖鼠姑妈的房子着火，让他忙乱不堪。为了实现杰罗尼摩的度假计划，旅行社最后提议让他在一个破烂鼠酒店待上一阵。这当然不是美妙的去处——糟糕的食物、成群的蚊子，还有变化无常的天气。幸运的是，和杰罗尼摩在一起的毕粉红带来了很多有趣的游戏，让杰罗尼摩和朋、友们度过了一段美妙的时光。当他回到家时，他才意识到，在哪儿都过得一样开心！

在很久很以前，世界万物都没有颜色。直到有一天，来了七个小娃娃，红娃娃亲吻可爱的小草莓，小草莓变红了，露出了甜甜的微笑；绿娃娃在草地上打了一个滚，赋予小草鲜活的绿色；黄娃娃抱抱向日葵，向日葵变黄了，变成了一个个小太阳……