基因表达序列标签（EST）数据分析手册

　　本手册以基因表达序列标签（ExpressedSequenceTag，EST）的处理分析流程为主线，结合大量实例，以“跟我学”的方式较为系统地介绍了EST测序，EST数据分析平台的构建，EST的文献检索和数据库查询，EST序列的聚类组装，EST的功能分类、代谢途径及基因产物的诠释等方面所涉及的方法和常用软件。此外，还介绍了如何利用大量的网上和专业软件来从基因和蛋白质水平分析基因及其蛋白质产物的基本特性和功能。从核苷酸水平介绍了开放阅读框寻找、基因功能预测、基因结构分析、选择性剪切分析、基因多态性位点分析、基因表达调控区域分析、序列GC含量和密码子使用偏性统计，以及酶切位点和引物设计等内容。从氨基酸水平介绍了理化性质、结构域、二级结构、三级结构和系统进化等方面的分析。

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目 录
第 1 章 表达序列标签 (EST) 及其应用

1.1 简介
1.2 EST 的应用
1.3 EST 测序分析流程
1.4 参考文献
第 2 章 EST 数据分析平台的构建
2.1 简介
2.2 硬件设备
2.3 Unix/Linux 操作系统及其常用命令
2.4 常用 EST 数据分析软件的安装
2.5 参考文献
第 3 章 EST 信息检索及常用数据库
3.1 简介
3.2 中文 文献检索
3.3 外文文献检索
3.4 文献管理
3.5 EST 数据库
3.6 参考文献
第 4 章 EST 聚类，常见问题及解决方法
4.1 简介
4.2 EST 序列聚类方法
4.3 EST 聚类中常见的问题及解决方法
4.4 参考文献
第 5 章 EST 数据注释及多序列联配
5.1 简介
5.2 序列比对（ BLAST ）
5.3 Interpro
5.4 多序列比对（ Clustal W ）
5.5 参考文献
第 6 章 EST 功能分类与代谢途径分析
6.1 简介
6.2 EST 功能分类
6.3 EST 代谢途径分析
6.4 EST 对应基因产物系统分析
6.5 参考文献
第 7 章 基因核苷酸序列分析
7.1 简介
7.2 基因开放阅读框的识别
7.3 内含子 / 外显子剪切位点识别
7.4 基因调控区域分析
7.5 密码子使用偏性分析
7.6 限制性核酸内切酶位点分析
7.7 核苷酸序列综合分析软件
7.8 参考文献
第 8 章 基因蛋白质序列分析
8.1 简介
8.2 蛋白质理化性质分析
8.3 蛋白质二级结构预测
8.4 蛋白质结构域
8.5 蛋白质三维结构预测
8.6 分子系统发育分析
8.7 参考文献