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RNAi:基因沉默指南
作者:(美)G.J.汉农(Gregory J.Hannon)主编;陈忠斌主译
出版社:化学工业出版社
出版时间:2004-09-01
ISBN:9787502558246
定价:¥78.00
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内容简介
RNA干扰(RNAi)是双链RNA介导的特异性基因表达沉默现象。自从20世纪末被发现之后,其基础研究和应用迅速成为21世纪初生命科学中的热点领域之一。2001年和2002年RNAi研究连续2年被Science杂志评为自然科学十大突破之一。《RNAi:基因沉默指南》的原版由这一研究领域的著名专家撰写,并由国内从事相关研究的科研人员共同翻译。内容涵盖了RNAi基础理论和应用方面的主要内容,包括RNA干扰的基本概念与机制、生物化学研究、双链RNA对基因组的调节、哺乳动物基因表达中shRNA介导的沉默、RNase超家族以及RNAi在多个物种中导致沉默的方案。《RNAi:基因沉默指南》部分章节列出了有关RNAi应用详细而具有可操作性的实验技术。同时为方便读者阅读使用,书中还包括中西文对照和索引。本书可作为从事发育生物学、细胞生物学、遗传学、分子生物学等生命科学领域相关学科研究人员的实验室指南,同时可供相关专业高年级本科生和研究生参考。
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目录
1 植物中的正义共抑制:历史、现状与展望(陈忠斌 王艳华 译 崔洪志 校)4 11 植物基于同源性基因沉默机制的早期认识5 12 RNA复制和其中RNA依赖的RNA聚合酶(RdRP) 6 13 过量表达正义转基因引起RNA沉默的两种模型7 131 dsRNA转录体触发RNA沉默8 132 单拷贝正义外源基因如何成为RNA沉默的触发分子8 133 解释植物共抑制相关文献的复杂性10 14 基因翻译在正义共抑制中的作用?11 15 DNA甲基化与RNA沉默的关系13 16 正义共抑制在植物生理和发育中的潜在作用14 161 RNA沉默信号和功能性内源mRNA通过胞间连丝在细胞间运输和通过韧皮部长距离转移14 162 正义共抑制表型中的表遗传(epigenetic)变化14 163 植物中超细胞(supracellular)信息加工和存贮的可能假说17 致谢17 参考文献182 动物细胞中的转基因共抑制(梅柱中 译 陈忠斌 校)21 21 果蝇转基因沉默现象22 211 其他构件引起的共抑制23 212 聚合梳族基因的影响24 213 含PRE元件构件间的相互作用26 214 共抑制和配对敏感性沉默26 22 果蝇转基因的转录后沉默28 23 Run-On转录分析30 24 piwi与aubergine对转录后及转录水平基因沉默的影响30 25 转基因对转座元件的影响33 26 果蝇中Stellate/Stellate抑制子的相互作用34 27 线虫基因表达共抑制34 28 哺乳动物中的共抑制35 29 总结36 致谢37 参考文献383 双链RNA对基因组的调控(付汉江 译 杨 明 郑晓飞 校)43 31 RNA介导的DNA甲基化44 32 RdDM 和同源依赖性基因沉默45 33 RNA介导的启动子序列甲基化和TGS45 34 植物胞核存在一个独立的dsRNA加工途径吗?46 35 细胞质产生RdDM的RNA信号46 36 可移动沉默信号和DNA甲基化47 37 RdDM的机制47 371 RdDM:短RNA或dsRNA?48 372 DNA甲基转移酶和RdDM50 373 染色质因子和RdDM51 374 遗传筛选发现新的RdDM缺陷突变型52 38 RdDM只在植物中发生吗?53 39 蛋白编码区和启动子甲基化的不同后果54 310 RNA介导的染色质修饰?55 311 脉孢菌中不配对DNA引起的减数分裂沉默56 312 启动子dsRNA的天然来源56 313 类病毒致病性:宿主基因的RdDM?57 314 RNA介导TGS在功能基因组学中的应用57 3141 启动子反向重复序列的长度和组成58 3142 间隔区大小和序列59 3143 转录启动子59 3144 多聚腺苷酸化信号59 315 RNA介导的基因组修饰60 致谢60 参考文献604 线虫中的RNAi(孟庆文 译 仇华吉 校)65 41 概念与策略66 411 RNAi缺陷型突变体66 412 RNAi机制68 413 RNAi的遗传性70 414 转移性RNAi和免疫系统70 415 RNAi的传播72 416 共抑制和RNAi73 417 转座子沉默、共抑制和RNAi之间的关系:三种现象,一种机制?74 418 RNAi的天然功能74 42 实验技术76 实验方案1: dsRNA导入77 实验方案2:共抑制79 实验方案3: RNA分离79 实验方案4: si/miRNA检测80 致谢82 参考文献825 RNA与生物学:RNAi生物化学研究(师迎旭 译 岳培斌 校)86 51 RNAi的生物化学86 52 通过体内研究了解RNAi机制87 53 RNAi研究的生化模型87 54 RISC: RNAi的催化动力(engine) 89 55 通过Dicer作用产生siRNA92 56 Dicer和miRNA的发现94 57 体内的Dicer97 58 哺乳动物细胞RNAi的生物化学97 59 主旋律中的变调?98 510 RNAi与人类疾病的关联?101 511 RNAi与基因组103 512 总结104 参考文献1056 shRNA介导哺乳动物基因表达沉默(张卓远 译 郑晓飞 校)110 61 调节基因表达的RNA发夹结构110 62 siRNA111 63 两种RNA沉默通路的联系113 64 RNA沉默分子的结构114 65 miRNA作用靶点115 66 介导基因沉默的发夹RNA遗传操作115 67 shRNA介导动物基因表达沉默120 68 RNAi稳定转基因动物121 69 结论122 致谢124 参考文献1247 转座元件、RNAi与异染色质起源(郭 永 译 章金刚 校)129 71 转座子作为控制元件130 72 异染色质和转座子图谱131 73 转座子沉默机制134 731 DNA甲基化134 732 组蛋白修饰135 733 染色质重建(remodeling) 136 734 RNA干扰138 74 RNAi和转录沉默在机制上是相关的139 741 裂殖酵母中的转座子、重复序列和基因沉默139 742 RNAi 和着丝粒沉默140 743 染色质连接141 744 建立还是维持?142 745 着丝粒功能143 75 结论144 参考文献1448 核糖核酸酶III超家族:在RNA成熟、降解与基因沉默中的结构与功能(梅柱中 译 陈忠斌 孙志贤 校)150 81 RNase III超家族概述151 811 细菌RNase III功能152 812 其他细菌RNase III同源分子的功能154 813 细菌RNase III同源分子的底物反应表位154 82 细菌RNase III作用机制156 821 催化结构域:功能与结构特点156 822 dsRBM:结构与功能特点158 823 活性位点结构与参与的二价金属离子159 824 细菌RNase III作用机制总结161 825 酵母RNase III同源分子:底物与功能162 826 高等真核生物RNase III同源分子结构与功能165 83 Dicer在RNAi和调节性小RNA成熟中的结构与功能166 831 Dicer产生siRNA167 832 Dicer参与调节性小RNA的成熟加工167 833 Dicer作用机制与结构167 84 关于RNaseIII起源169 85 总结与展望170 致谢170 参考文献1709 RNA依赖的RNA聚合酶在基因沉默中的作用(周绪斌 译 陈忠斌 校)176 91 概念与策略178 911 番茄细胞RdRP178 912 RdRP同源基因在基因沉默中的作用181 913 降解性PCR(degradative PCR) 与转移性RNAi(transitive RNAi) 184 914 基因沉默作用模型189 915 细胞和病毒RdRP是否有进化上的关系?190 92 QDE-1的RdRP活性193 93 总结194 94 实验技术194 实验方案1: RdRP活性测定194 实验方案2:短合成模板的转录195 实验方案3:果蝇胚胎提取物的制备及分级分离197 实验方案4:从果蝇胚胎提取物制备siRNA198 实验方案5: siRNA引导的RNA合成199 致谢201 参考文献20110 异染色质结构与功能:表遗传性基因沉默与基因组组织结构的联系(陈留存 李 洁 刘朝晖 译 邵宁生 校)206 101 异染色质特性207 1011 凝聚207 1012 转录抑制208 1013 重组抑制208 1014 染色体分离209 1015 序列组成211 102 位置效应色斑的调节物211 1021 异染色质蛋白1211 1022 组蛋白和组蛋白修饰212 103 常染色质表遗传控制中的异染色质样结构214 1031 HP1控制“常染色质”214 1032 发育中可遗传的基因抑制214 1033 表等位基因215 1034 新着丝粒215 104 异染色质的起始机制215 1041 DNA结合蛋白216 1042 重复序列诱导的异染色质形成216 1043 RNA指导的沉默217 105 事例研究:裂殖酵母异染色质形成217 1051 着丝粒与端粒218 1052 沉默mat位点的异染色质调节基因沉默、重组和交配型转换218 1053 异染色质形成中的着丝粒重复序列219 1054 RNAi与粟酒裂殖酵母异染色质组装220 1055 异染色质边界221 1056 异染色质结构域的建立和维持221 106 结论224 致谢224 参考文献22511 高通量RNAi: 线虫全基因组RNAi筛选(孟庆文 译 仇华吉 校)234 111 概念与策略235 1111 将dsRNA导入线虫的方法235 1112 RNAi作为分析大批基因功能的工具236 1113 RNAi与正向遗传学的局限性与差异238 1114 RNAi筛选设计注意事项239 112 RNAi筛选的前景241 113 结语241 致谢241 参考文献24212 PTGS技术与植物大规模功能基因组学研究(毛建平 译 陈忠斌 校)244 121 概念与策略244 1211 正向遗传学244 1212 反向遗传学245 1213 PTGS系统246 122 实验技术259 粒子轰击法递送双链RNA259 稳定转化法递送双链DNA259 农杆菌渗入法递送双链RNA260 通过VIGS方法递送dsRNA261 123 展望262 致谢262 参考文献26313 哺乳动物中的RNAi(杨 明 译 付汉江 郑晓飞 校)266 131 概念与策略267 1311 RNA干扰的一般机制267 1312 应用RNAi分析哺乳动物细胞基因功能274 132 小结281 133 实验技术282 实验方案1: siRNA序列的选择282 实验方案2: siRNA退火制备siRNA双链体283 实验方案 3:细胞培养及24孔板细胞制备284 实验方案 4:荧光素酶报告质粒与siRNA双链体共转染285 实验方案 5: siRNA双链体转染287 实验方案 6:蛋白质敲减的免疫荧光实验288 实验方案7: Western印迹检测蛋白质敲减289 致谢291 参考文献29114 禽类胚胎中的RNAi(周绪斌 译 陈忠斌 校)298 141 鸡胚作为研究神经系统发育过程中基因功能的模型299 1411 注射和电穿孔dsRNA引起靶基因特异性表达下调301 1412 卵中RNAi引起的基因沉默导致特异性功能缺失表型301 1413 卵中RNAi的应用303 142 实验技术303 实验方案1: dsRNA制备303 实验方案2: dsRNA向卵内注射及电穿孔305 实验方案3:轴突寻路分析307 致谢311 参考文献31215 小鼠卵母细胞和植入前胚胎细胞中的RNAi(詹林盛 译 王全立 校)314 151 概念与策略314 1511 哺乳动物细胞对dsRNA的反应314 1512 哺乳动物RNAi途径315 1513 RNAi在哺乳动物早期胚胎细胞中的作用317 1514 RNAi作为研究哺乳动物的实验手段319 152 发展方向324 153 实验技术325 实验方案1:长dsRNA分子的制备325 实验方案2:显微注射卵母细胞和早期胚胎细胞332 致谢340 参考文献34116 果蝇细胞培养中的RNAi技术(饶 林 译 王全立 校)345 161 概念与策略346 1611 果蝇S2细胞系统的特性346 1612 RNAi在S2细胞培养中的应用348 162 实验技术349 1621 S2细胞RNAi实验方案349 1622 dsRNA的制备350 1623 其他注意事项351 1624 关于靶序列的更多说明352 1625 S2细胞RNAi的应用353 163 结语356 注释357 致谢357 参考文献35717 RNAi技术在果蝇中的应用(仇华吉 译 温亚丽 陈忠斌 校)360 171 概念与策略361 1711 外源性RNAi361 1712 内源性RNAi363 1713 外源性和内源性RNAi方法的选择365 1714 RNAi特异性的确定366 172 实验技术367 实验方案1: dsRNA合成368 实验方案2:胚胎显微注射和分析372 实验方案3:用基因枪将dsRNA送入胚胎377 实验方案4:胚胎表型分析381 实验方案5:细胞培养RNAi388 实验方案6:原代细胞RNAi390 实验方案7:第一代转基因RNAi390 实验方案8:第二代转基因RNAi392 致谢395 参考文献39618 布氏锥虫及其他非经典模式生物RNAi(杨 光 曹国军 译 邵宁生 校)398 181 RNAi是研究进化多样性的工具398 1811 草履虫398 1812 水螅399 1813 Cupiennius蜘蛛399 1814 盘基网柄菌399 182 锥虫RNAi的一般特点400 1821 布氏锥虫RNAi研究的早期历史400 1822 布氏锥虫中可诱导和可遗传的RNAi方法400 1823 引发RNAi的双链RNA特点401 1824 RNAi能迅速引起胞浆内mRNA降解402 1825 RNAi利用于功能研究402 183 siRNA特征402 1831 外源dsRNA产生的siRNA分析403 1832 内源转录体产生的siRNA分析:RNAi在沉默反转录转座子转录物中的作用403 184 mRNA翻译在RNAi机制中的作用404 1841 siRNA与多聚核糖体相互作用404 1842 RNAi与mRNA翻译的偶联:一种模型405 1843 翻译依赖和非翻译依赖RNAi机制405 185 锥虫中RNAi的遗传学分析406 1851 RNAi对生存是非必需的406 1852 Argonaute家族基因是锥虫RNAi必需的406 186 总结407"
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