“疑似彭加木遗骸的干尸”引发争议
2005年9月底，甘肃省沙漠研究所过来考察，八个人又向他们说了有关情况，并带着科考人员进了沙漠。沙漠研究所的人把情况告诉了中国科学院寒区旱区环境与工程研究所研究员董治宝。刘国汉说：“他敏感性强，马上就到敦煌来了，进沙漠带了样品说回去作鉴定。但此后就没消息了，一直到最近一段时间才过来，然后我们就听到他发布消息，说他是第一个发现干尸的人。”
2006年4月11日，董治宝与夏训诚相约到了敦煌，计划一起对库姆塔格沙漠中典型羽毛状沙丘进行测量采样后，对干尸以及发现干尸的区域进行考察。但到4月13日，“他（董治宝）突然不辞而别，手机短信说他有急事已回兰州，此后联系他手机都在关机状态”。夏训诚说：“我只好按原计划与其他队员开始科学考察活动。“4月14日，他率队离开敦煌，进入罗布泊地区。
然而，就在4月14日，董治宝在接受媒体记者采访时称：“这具干尸已于4月14日凌晨从库姆塔格沙漠中取出，移交至敦煌博物馆保存。”
这具干尸为什么会移交敦煌博物馆保存呢？据刘国汉说，董治宝当时是准备把干尸运回兰州中国科学院寒区旱区环境与工程研究所。但是，遭到刘国汉等人坚决反对。刘国汉等人认为，他们八个人才是干尸的第一发现人，因此不同意董治宝把干尸带回中国科学院寒区旱区环境与工程研究所。为防止意外，他同时把情况反映到敦煌市，于是，干尸半路上被敦煌市截下来，运到敦煌博物馆暂时保存。
这具“疑似彭加木遗骸的干尸”，究竟是不是彭加木遗骸，最权威的判断当然是DNA鉴定。
2006年4月17日，由中科院北京基因组研究所所长杨焕明、北京华大方瑞司法物证鉴定中心主任邓亚军、中科院古脊椎动物与古人类研究所博士研究员刘武及中科院寒区旱区环境与工程研究所有关专家组成的小组对干尸进行现场检验和DNA样品采集，以便作出DNA鉴定。
不过，DNA鉴定需要几周的时间。
就在等待DNA鉴定结果的日子里，对于那具干尸是不是彭加木遗骸，引起激烈的争议，有人说可能是彭加木遗骸，有人断然否定。
否定的理由是：干尸身高只有1.65米（最初的报道），而彭加木身高1.72米。另外，彭加木失踪时，带有照相机、水壶等金属物品，穿一双翻毛皮鞋，而发现干尸的现场没有这些物品。还有，发现干尸的地点离开彭加木当时出走的地点将近100公里（最初的报道），距离太远了。
彭加木生前所在单位领导、中国科学院新疆分院党组书记傅春利看了干尸，认为最主要的疑点就是干尸面部结构与彭加木先生的面部特征不相近。他说：“干尸的眉骨到头顶的距离只有3厘米，这与彭加木有着极大的区别，彭加木为宽额头。另外，干尸的大拇指指甲也特别长，而彭生前没有留长指甲的习惯。”
持肯定的理由是：经专家对干尸牙齿、头皮等各部位骨骼进行测量和鉴定，初步判断，该具干尸对应的人的死亡时间距今30年左右，身高应在1.70米以上，足长42码，死亡时的年龄在52岁至55岁之间，系短发。彭加木26年前失踪时为55岁，身高1.72米，足长42码，出走时留短发，这些特征与干尸吻合。另外，据中央电视台新闻频道在2006年4月17日报道，发现无名干尸的地点距离彭加木脚印消失处——库姆塔格沙漠边缘的库木库都克——只有20公里。
曾经多次参与寻找彭加木的夏训诚研究员在接受中央电视台新闻频道采访时指出，当年的搜索活动一直局限在沙漠边缘，从没有走进过沙漠腹地。这两者之间还是有可能存在关联的。沙漠比较高，在比较高的地方可以看看有没有水的痕迹，而且在这个库姆塔格沙漠羽毛状沙丘的这一边可以看到一个干的湖泊，有流水的痕迹，所以他（彭加木）也有可能到这里。
中科院专家在对疑为彭加木遗体的干尸进行DNA测试
不过，曾经多次穿越罗布泊的吴仕广指出，从地图上来看，从彭加木的脚印消失的地方距干尸的第一发现地虽然只有23公里的直线距离，但是这其中并未包括翻越十几座沙丘的路程。“试想，在地表温度达到60℃以上的6月份，又有谁会到达那个地方？何况一个已经行走了7.8公里的人。”
