不过这样的学制设计，上世纪五十年代，在丁则良的笔下成为李提摩太为帝国主义文化侵略创造出来的新形式——“西学专斋的教务完全由几个外国人决定，教育学生的方针，是要学生毕业后能够升入英国的伦敦大学，并不问学生所学是否符合中国的需要。换句话说，山西大学的西学斋，只不过是伦敦大学的一个预备学校。1907年，有二十五名学生被送到英国去留学。到了1911年，山西大学才全部交还中国自办。帝国主义用中国人民的血汗办起来的大学，山西大学是第一个。这是李提摩太为帝国主义文化侵略创造出来的新形式，比教会出钱办的大学更能迷惑人们的视线。在山西大学创办之后十年，美帝国主义也如法炮制，把庚子赔款的一小部分退还了，办了一个清华大学。”
再看看百年前的功课表，西斋学科分为五门：一曰文学，内分同文史记、地理、师范等学。一曰法律学，内分政治、财政、交涉、公法等学。一曰格致学，内分算学、物理、化学、电学等学。一曰工程学，内分机器、工艺、矿路、地质等学。一曰医学，内分全体、内外、大小、男女、居宅卫生及药物等学。这五门学科，相当于今天的五个系。
今天看这个科系设置，特别佩服的是其根据山西作为资源大省的特点，开设工程、矿路、地质等学科。其实，这就是英国大学教育的模式。今人对英国模式的了解，还多停留在导师制、学院制、寄宿制等上。其实其精髓之一是课程设置面向工业需要，让大学成为本地区工业研究的重要中心。
西斋所定下的这些科目，明确写在《山西大学堂创办西斋合同二十三条》第七条。为保证学科建设的稳定，合同第十二条还特别补充规定：“课程无论如何商改，均不得与第七条所列各学科稍有违背，及于此外增立别项名目。倘有违背，或别有增立，可由巡抚立时将此合同作废，并将以后应交之款停交。如晋省官绅违背此合同，可由李提摩太将未交款项，立时全取，移作翻译有用书籍之用。” 李提摩太当时在上海，还专为西斋设立译书局。
西斋师资力量很强，教师都具有较高的学术地位。外籍教师居多，英语是教学语言。学生除了正常的课程外，还有体操、网球、足球等活动。每星期六上午便是专门的体操课。据说开学当年年末就成功举办了由两斋学生和全体教员参加的运动会。这些都是当时中国的士子闻所未闻的。
外国人给学生上化学课，第一课便是从巨大的爆炸与难闻的气味开始。当爆炸声响起，刹那间，坐在前几排的学生已冲出教室。
在西斋的学生对新事物充满好奇的同时，同处一座校园里的中斋学子，仍在走传统的“师授学承”之路。学生“既不分班，也无教室，每次听课，则在‘丰树堂’。学生从前门由书办（书记）唱名鱼贯而入。老师全体出席，由后门（屏门）进入。各位老师按品职坐在中央暖阁前面，学生们分坐东西两侧。老师学生必须顶褂整齐”。而西斋教习、学生则穿着随便，课后接触频繁，常常在一起交谈。尽管中斋学生经常批评西斋学生“数典忘祖”、“舍己之地而耕人之田”，但对他们丰富、活泼的生活又有些羡慕。
西斋的师生关系虽然活泼，但管理很严格。据记载，西斋总教习还与学生签订一份契约，凡旷课逃学者一律投入大牢。这可能是中国历史上最为严厉的校规。在学生思想方面，明确禁止学生干预国事。后来中国学生运动此起彼伏，有人视之为荒废学业，有人视之为爱国报国，至今仍难以一言蔽之。
西斋第一任总教习叫敦崇礼（Moir Duncan）。李提摩太虽接下大学堂的任务，但自己无法亲临山西主持校政，于是他找到了时在陕西的英国浸礼会传教士敦崇礼。敦氏深谙中国古典文学，曾在牛津师从著名汉学家理雅各。同时为人古道热肠，又有过人的精力，在处理山西教案时就是李提摩太的得力助手。
