当时之东北，处于日俄两豺狼交攻之下，情势危急。世昌上任前，便与时任北洋大臣的袁世凯商定外交方针，一则“以保卫主权为第一急务”；二则“在具体交涉时，为在主要问题上达到目的，在次要问题上可作适当让步，以求复得”。世昌在与日本交涉过程中，对其明目张胆的侵略行径予以坚决反击，“必示人以不可攻，而后人不攻；必示人以不可欺，然后人不欺”。在卫护领土主权等原则问题上据理力争，寸土不让。世昌任用与日交涉“著为功劳”的吴禄贞为“解决界务问题督办”，有效地遏制了日本蚕食中国边境领土的阴谋及“满州政策”的推行。一次，日人在图门至六道沟九十余里钉立木桩，暗将我国领土划入朝鲜国界（当时朝鲜为日侵占），世昌急令吴禄贞带人连夜拔去，并记上华名里数，钉立标识，使日人目瞪口呆。世昌在与沙俄之针锋相对的博弈中，同样取得了“已无余憾，为之欣慰”之结果。世昌所行新政，使原本落后的东北地区后来居上，开改良之先河，在推进全国近代化进程方面，确实功莫大焉。
光绪三十四年（1908年）慈禧太后与光绪帝相继去世，满族亲贵掌政。宣统时，由于袁世凯树大招风，且难避戊戌变法时出卖光绪帝和维新志士之嫌疑，故而被夺职养疴。而世昌竟得以保全，并升任协办大学士、体仁阁大学士。不仅如此，他还在后来的皇族内阁中担任仅有的两个协理大臣(相当于副总理)中的一个，在此内阁中，汉人仅得四席，世昌是地位最高者。宣统三年（1911年）5月，清廷设皇族内阁，世昌仍留任协理大臣。武昌事发，清廷摇摇欲坠，而以世昌之出身、才干与声望，世昌若属激流勇进之辈，完全可以统兵与南方周旋。路人皆知，清廷信任世昌远远超过世凯，且世昌在北洋诸将中亦有威望，只要袁不得出，必唯世昌之谋是用；然而，世昌却甘愿将千载良机拱手让人，非不能也，是不为也。在世昌看来，由自己逼退清帝，是不忠也；撇开世凯，是不义也；知而为之，是不智也。所以，世昌力保世凯出山，对其东山再起，居功至伟。世凯组织责任内阁，世昌改任军谘大臣、加太保衔。可谓位及人臣者也。
