但目前直接登记中并未体现对社会组织章程的组织宪法定位的尊重，而社会组织章程更类似于一个“模板”性的文件，是社会组织申请注册登记过程中的一个环节，而非对日后发展、运行起到核心指导作用的文件。
7 对现有组织的认可机制缺乏
基于以往传统的政策和制度的限制，很多社会组织都采用“权宜之计”——进行工商登记注册，成为“披着企业皮”的社会组织，而各个地方试点对社会组织直接登记的政策纷纷出台之后，很多原先以企业注册的社会组织获得了进行社会组织注册的条件和资格，但是已有的工商注册何去何从，现有的地方相关登记规范中并没有对这些组织的身份转换机制做出规定。所以一部分社会组织进行了双重身份的注册，已有的工商注册和新的社会组织注册，但是两个注册下是一个组织，这使得社会组织在活动和行为上具有了双重意义，增加了政府和社会各方对其监管的难度。
8 区域间的协调统一问题
各地只能基于自己的行政管辖范围对社会组织直接登记问题做出规定，这样就会产生省份之间、区域之间政策的不统一，这一点可以从登记范围、登记后的组织类型以及分支机构的设立等有关规定中看出。这种积累多元经验和地区无法协调的困境导致了许多问题，但是目前而言，各个区域间已经进行了一段时间的尝试，应当通过一定的渠道和方式对目前实践的经验进行比较和梳理，并且对于部分试点地区做出规范，从而促进社会组织直接登记法律、法规的形成。
9 前后政策、制度协调问题
目前社会组织直接登记是通过对社会组织进行分类的方法进行的，一方面积累经验，另一方面也在尝试逐步对各类社会组织开放，但同样涉及在法律、制度、政策今后统一时，如何处理以往政策与当今政策、制度的协调问题，例如之前对申请成立“老乡会”“战友会”的，一律不予审批，对申请成立“校友会”（包括“同学会”等类似组织）的，要从严掌握，在社会组织直接登记出台后，应当如何看待该类组织。此外，之前所规定的免登记的社会组织，例如妇联，是否需要进行重新登记，纳入同样的监管体系中，这都需要进一步讨论。
10 配套政策的完善存在问题
从对社会组织直接登记的专项政策来看，尽管基本上所有的政策均对直接登记的方法论提出支持，但是只有14项专项政策具体说明、提及了对社会组织直接登记提供相应配套政策。在上述提到的十类配套政策中，有五类政策覆盖的试点地区还不及10%。此外，除去“设立备案制度”覆盖了近半数的试点地区之外，其余政策的覆盖率均不足20%。这说明，当前试点地区对于社会组织直接登记的实行所配套的相应政策制定非常不足，尤其在与社会组织直接登记紧密相关的“充实登记管理力量，加强监管能力”“建立健全评估机制”等方面极为欠缺。此外，发展社会组织、建立社会组织交流平台机制、引导公民关注社会组织的相关政策也极为缺乏，这对于社会组织在试点地区的进一步发展来说，缺乏制度和政策上的鼓励和保障，没有从根源上贯彻社会组织直接登记的政策思路和目的，也使得社会组织直接登记政策流于登记程序本身的形式，而未能促进社会组织在提供公共服务、参与社会治理层面更进一步。尽管备案制度覆盖试点的比率较高，但其本身在推动社会组织发展上的作用较为有限。所以，整体而言，当前社会组织直接登记政策在配套措施方面还亟待完善。
