《方案》对如下几类社会组织提出了需要保留前置审批的程序：（1）民办社科研究机构；（2）民办学校（含民办中小学、幼儿园、中职学校和培训机构）及民办职业技能培训机构；（3）民办非营利性医疗机构；（4）民办福利机构；（5）宗教类和涉及意识形态、法律、维权、军事、外交、民族、宣传等特殊领域的社会组织，有2个试点的政策与此完全吻合。而4项通过反向排除界定范围的政策，全部都提到了对于政治类、宗教类的社会组织保留前置审批，其中3项将涉外类社会组织排除在直接登记范围之外，2项政策将民办非企业单位排除在直接登记范围之外。
各试点省份、城市等在范围的界定上有很大的差异，甚至出现一些相左的界定。例如有的地方政府将民办非企业单位划定在直接登记的范围之外，而青海省则将其纳入范围之内。此外，不同地区对于直接登记政策重点开放、扶持的范围界定也不同，例如甘肃省提出对从事扶贫济困、救孤助残、助老扶弱、赈灾救援等慈善类社会组织重点开放直接登记。值得一提的是，东莞市限制了社会科学类研究机构进入直接登记的范围，而温州市却将其列入开放重点。总而言之，不论试点地区是否发展出自身社会组织直接登记范围的体系，从政策根源上都多少与中央政策文件指导有较大的相关性。
4 登记的法人类型不统一
社会组织直接登记后所获取的组织身份类型存在较大差异。基金会和社团这两类的法人类型很单一，但是民办非企业单位的法人类型不确定，部分地区为民办非企业单位的法人类型，而另一部分地区则是民办事业单位的法人类型。这也是在社会组织直接登记政策推行中，通过地区试点式的推进方法的困境所致。不同地区根据自身的情况和理解，采用了不同的名称，这对于日后在经验积累的基础上统一法律、法规，出台纲领性的文件也造成了一定的困难。而且通过备案登记的社会组织并不具有法人资格，这也使得从制度和结构的角度而言，备案登记并不能对社会组织的初期成长起到推进作用，非法人资格在制度上阻碍了其进一步动员资源的可能，而目前社会组织直接登记的门槛又较高，这对于小型的社会组织发展、壮大的问题无法提供较好的解决，所以备案登记仍然是一个社会组织“无奈”和“尴尬”的选择。
5 直接登记中缺乏设计产权这一核心问题规则的建立和改革
企业围绕产权建立登记和管理体制，从而约束企业经济行为并维护商品经济秩序，但是在社会组织直接登记中对社会组织产权没有做出改革。社会组织的产权一直以来都是学界和政策制定者所讨论的问题，社会组织的产权具有产权主体分离、所有者缺位、使用权受限、没有自由转让权、受益主体不明确（虚拟化）等特征，所以应当从公益产权的视角看待社会组织产权。社会组织产权不确立，一方面会导致社会组织没有发展动力，管理者缺位，另一方面政府也无法对社会组织，尤其是社会组织的经济行为进行有效的约束。另外社会组织的利益相关者较多且缺乏明确的职责分工，这也成为社会组织提高运行效率、进一步发展壮大的决定性的瓶颈。
直接登记缺失产权问题的建立和改革，也使得产权问题无法从实践经验和地方特色中得到进一步的探索和尝试，只有尽早明晰对社会组织产权的界定，才能从制度上真正地将社会组织纳入法律体系下，政府才能进一步放开社会组织。
6 直接登记中对章程的组织宪法定位仍然没有予以充分尊重
社会组织直接登记在社会组织的要求中，对社会组织章程并未进行进一步的说明。社会组织虽要接受来自登记管理机关以及其他相应部门的监督管理，但日常运作是通过自组织的形式来进行的，并且自律体系也是社会各界监管体系中极为关键的一环，所以社会组织的章程十分重要，它应当具体规定社会组织的行为准则，尤其是对社会组织的领域、范围、活动性质等予以界定。
