作为北京大学的校长，胡适在学术界负有重要的责任。他不仅关心学术的发展，更关心学术的独立。学术独立有两层含义：一是学者要坚持独立人格；二是学界要有独立地位。
1946 年制宪国民大会结束以后，蒋介石希望胡适能够以社会贤达的身份担任国民政府委员兼考试院长，他认为这是给他帮忙，给国家和政府“撑面子”。对此，胡适的看法是：“我因为很愿意帮国家政府的忙，所以不愿意加入政府。”他说，我们这些人在野，“是国家的、政府的一种力量，对外国，对国内，都可以帮政府的忙，支持他，替他说公平话，给他做面子。若做了国府委员，或做了一院院长，或做了一部部长……结果是毁了我三十年养成的独立地位，而完全不能有所作为。结果是连我们说公平话的地位也取消了—用一句通行的话，‘成了政府的尾巴’！”（《胡适来往书信选》下册，第175 页）
后来，胡适在致蒋介石电稿中又重申：“北大此时尚在风雨飘摇之中，决不许适离开，道义上适亦不愿离开北大。万一命下之日，学校人心解体，不但北大蒙其害，亦甚非国家之福。故只有恳请我公许适不参加国府委员会，许适以超然地位继续为国家社会尽其绵力。”（同上，第194页）1948 年召开行宪国民大会，蒋介石又想让他竞选总统，自己担任行政院长。尽管胡适认为蒋是真诚的，但他还是不愿意放弃学术研究。后来，这件事因国民党内部意见不一致，遂不了了之。
除了保持学者个人的独立地位外，就整个学界而言，也有个能否独立的问题。1947 年9 月，胡适利用赴南京出席中央研究院院士选举筹委会之机，向蒋介石提出“十年教育计划”，其主要内容有两点：第一，要选择十所大学，在十年内分两批（一批五所）给予充足的经费，办成国际上第一流大学；第二，反对花大宗外汇派人出国留学。他说与其拿这些钱送学生出国留学，不如用来发展国内大学。他认为，如果若干年以后，中国还“有成千成万的学生去日本留学，那是极可耻”的事。（《胡适日记全编.7》第667 页）胡适提出这个计划，目的是为中国学术界的独立打下一个基础。为此，他提议中央在教育文化方面的投资不得少于政府预算的15%，各省不得少于25%，市县不得少于35%，私立学校与国立学校应该有同等机会，大学教育应该朝着研究院的方向发展……
这个计划在社会上引起很大反响，当年年底，胡适在中基会第二十次年会上，为北京大学、中山大学、浙江大学和武汉大学争到一笔经费，他决定把这十万美金用于物理系。尽管如此，这一计划因为内战的爆发而未能实现，以至于几十年以后，又出现了被胡适视为“极可耻”的出国留学热潮，而“争创一流大学”的口号，也成了今人的一句口头禅。至于胡适所谓“学术独立”的追求，却似乎被人们遗忘。
