上海的领事团（注：在十二月十六日一次领事会议上曾通过一项决议，谴责这次斩首是一件“极端违反人类天性的悖逆行为。”——一八六四年《关于中国事务报告汇编》，第一九二页）和商人大众（注：“我们获悉戈登少校没有等候收到卜鲁斯爵士对于有关李抚台处置‘反’王们的行为的意见而作的答复，就再次决定出场争斗，是极其觉得遗憾的。”——一八六四年二月十三日“北华捷报”）对于戈登的愤怒和他后来采取的行动衷心地加以赞许……英国公使告诉恭亲王说，戈登少校“必须不使与李鸿章有任何的交往”。（注：一八六四年二月十日卜鲁斯爵士致恭亲王函，一八六四年“戈登中校在中国服役情况通讯”，第一五页）他写信给戈登中校的时候宣称“显然，没有一位有品德的军官能够在他（李鸿章）下面服役，我已经告诉中国政府，你不能再和他有任何交往，或者听他的命令”。
新任税务总司的赫德（R.Hart）出面调解，到苏州与李鸿章见面，听取了李鸿章的解释后，他相信杀降行动不是一次有预谋的诡计，又到昆山和戈登见面。戈登虽然接受了李鸿章的解释，但表示不愿再当常胜军管带了，并要求由英国陆军提督柏郎（Brown）接手。柏郎也跑到苏州与李鸿章理论。
李鸿章后来写信给曾国藩，讲述与柏郎见面的经过，“柏郎（十一月）初二来苏，怒不可撄，谓其代英国君主与官商众人与我说理，要鸿章备文认错，方有办法。鸿章笑对云：此中国军政，与外国无干，不能为汝认错。一怒而去。恐总理衙门无力了此公案，故愿受朝廷之罚，不欲开岛人之衅。顷闻柏郎回沪，纠商各国领事，尚有附会，却颇澹然。洋商则多以杀伪酋为是，大约纷纭可渐解矣。”
李鸿章毫不担心朝廷处罚他，果然，朝廷不仅没有责备他，而且还赏赐穿黄马褂和太子少保衔，程学启则赏赐黄马褂和云骑尉世职。戈登也得到头等功牌和一万两银子的赏赐。戈登以为这批钱是江苏巡抚赏给他的，拒绝接受。
李鸿章认为，戈登之所以大吵大闹，不过是因为收复苏州后，常胜军没有机会劫掠而已。戈登曾提出发两个月的恩饷作为补偿，被李鸿章拒绝了。为了息事宁人，李鸿章最后把赏银加到七万英洋。
戈登连续两个月不与李鸿章见面，亦不通音信，很多人都担心这样僵持下去，会导致常胜军哗变，但李鸿章却若无其事，你不来我也不往，而常胜军的军饷还照发。戈登终于忍不住了，十二月二十五日、二十九日，两次从昆山到苏州见李鸿章，主动示好，答应继续带领常胜军协助作战，并自告奋勇说愿意由无锡进攻宜兴，切断洋商接济太平军的通道，隔绝江、浙两地太平军的联络。
李鸿章在一份奏章中，陈述他对常胜军的看法，显示出一种外柔内刚、有理有节的立场。他说：“戈登暂驻昆山，声称不归。臣调遣臣兵力可敷防剿，亦无须该军协助。但冀总理衙门与英公使议定妥法，即让戈登告退，须责令将该军带队外国弁兵一百数十名全行撤回，或由臣选派数人帮带，该军叠次购买外国炮位及现存外国军火全行交出，彼无所挟持，庶不敢背叛滋闹。盖常胜军所恃只有炮火，此外实无他长。洋人议论，每谓该军若无外国官统带，定必投贼作乱，何以中国弁兵并无无故投贼之事？”他洞见症结地指出，戈登借杀降事件闹事，其核心问题，在于“英酋欲揽兵权以钳制，地方勇丁欲附洋弁以挟厚饷，相为固结不解”而已。
