坊间谣言纷纷，有人说降兵暗藏大炮，准备轰击拙政园，为冤死的八王将报仇。危疑震惧的空气笼罩全城。郑国魁也始终不肯原谅此事，李鸿章为了安抚他的情绪，让他为八王将安排佛事，并亲自设祭吊丧，在灵前奠酒，泪下数行，哀恸不已。经过李鸿章的一番努力，城内的紧张气氛，总算渐渐平息。李鸿章对降兵加紧遣散，多遣散一人，就少一分危险，但因为人数太多，到年底才能完成。
李鸿章向朝廷奏报此事原委时，把责任全部揽到自己身上：
先是官军入城查探降众，实有二十余万，其精壮者不下十万，郜云官（永宽）等歃血立盟，誓同生死，献城后，遂占住阊、胥、盘、齐四门，于街巷各口堆石置卡，隐然树敌，又添招苏城附近贼党陆续进城，坚求准立二十营，并乞奏保总兵、副将官职，指明何省、何任，其挟众要求之状种种堪虞。臣思受降如受敌，必审其强弱轻重，能否驾驭在我……郜云官并未剃发，维时忠逆李秀成尚在望亭，距苏甚近，郜云官等皆系忠逆党羽，诚恐复生他变，不如立断当机，登时将该伪王天将等骈诛，派程学启督队入城，捕搜逆党，于是降众二十万咸缴军械，乞就遣散。
文中所列的罪状，其实都经不起质疑。从献城到伏诛，不过一天时间，所谓构筑街垒、招揽四乡贼党入城等，根本无暇进行，不过是欲加之罪而已。李鸿章在向朝廷解释杀降事件的同时，也写信给曾国藩。曾国藩在十一月二十三日的日记中写道：“见李少荃杀苏州降王八人一信稿、一片稿，殊为眼明手辣。” 梁启超批评李鸿章“于是有惭德矣”，其罪有三：“杀降背公理一也；负约食言二也；欺戈登负友人三也。”他不无感慨地直言：“文忠生平好用小智小术，亦可以见其概矣。”
淮军并不是第一次杀俘、杀降，以往都没引起什么风波，但这次因为戈登是誓约的担保人，对于违约杀降，他的反应极其强烈，大出李鸿章与程学启的意料。难怪有人说“不做中，不做保，不做媒人三代好”。戈登做了一回失信的保人，“深感耻辱和极度伤心”，愤然离开苏州，带着郜永宽的一名义子去了昆山。他留书给李鸿章，要求李辞去江苏巡抚一职，把苏州交出来，否则他就要向程学启的军队开战，把常胜军夺得的地方交还给太平军，甚至常胜军也要加入太平军。
香港英文报纸《中国之友》的副主笔到苏州采访，写了一篇《苏州旅行记》。他在城里发现了一张太平军留下的“耶稣受难图”，被深深感动，以至于相信太平天囯是真正敬仰耶稣的爱国志士。在《苏州旅行记》中，他大骂李鸿章，“如果说这个抚台（李鸿章）的卑劣暴行可以原谅，如果这个抚台破坏公道正义的罪行可以宽恕，如果说天主教耶稣会会员能够为这个抚台的罪行找出什么辩护的理由，那么这就是：这个抚台出卖了那些出卖自己事业的人，他是出卖者的出卖者，他对不忠不信的各王破坏了信约。”
在李鸿章幕府里专门负责与外国人联络的马格里受李鸿章委派，风尘仆仆赶往昆山，向戈登疏解。这令戈登更加生气，他大骂马格里作为一名女王陛下的英国军官，却担负这样的任务，令他“感到惭愧”，盛怒之下，他甚至带了一队常胜军坐船去苏州，准备把李鸿章抓起来。但船驶到一半，被寒冷的江风一吹，他冷静下来，觉得此举太过莽撞，便折回昆山。
李鸿章对戈登一直不卑不亢，他并不怕常胜军翻脸，在他看来，常胜军除了炸炮厉害之外，打仗并不见得比淮军在行。这话他刚到上海时不敢说，现在敢说了。李鸿章在给曾国荃的信中说：“常胜军终无结局，外闻不知者以为好帮手，其知者以为磨难星也。” 但他也不愿意这事闹大，希望尽快平息，于是又派道员潘曾玮、总兵李恒嵩前往昆山，在戈登面前，把好话说??
这一事件闹得沸沸扬扬，惊动了两宫太后、总理衙门和英国公使。成书于宣统二年（1910）的《中华帝国对外关系史》，记录了当时外国人的反应：
