李鸿章邀请八王将到行营，取了八顶红冠花翎，让他们戴上，勉励道：“今为我大清官矣，好共立功。”然后备下酒席招待。酒过三巡，李鸿章借口要巡视军营，先行告退。他一离开，营门便立即关上。只听一声炮响，郜永宽惊问：“什么事？”话音未落，伏甲四出，刀斧齐下，把八王将全部杀死。程学启策马入城，一路大呼：“八人诈降已杀之，余不问。若等毋动，动者斩??
当时在湘军幕中的徐宗亮记述：“其谋斩苏城降将，合肥相国（李鸿章）踟躇三昼夜不能决，忠烈（程学启）以要去之始定。性颇嗜杀，论者少之。然苏城降将所约三事，曰留半城屯其余众，曰编定百营照给饷，曰受翎顶而不剃发。此何可从，盖有取死之道，杀之固当。”
然而，局外人则大为震惊。郑国魁觉得这种背约行为不可容忍，因为他是牵线人，曾许诺保证降将安全，如今负约，愧疚自责，一连三天卧床，哭泣不食。太平军的降兵乱成一团，有人攻击官军，有人趁机抢掠；淮军也加入抢劫潮，一时满城大乱，哭声震天。
城中秩序，渐渐得到恢复。十月二十九日，李鸿章进驻苏州城内，行营设在原来是太平军忠王府的拙政园，派署臬司郭柏荫督同府县官绅，筹办善后事宜，资遣降众，清查户口。有野史称，李鸿章在苏州大开杀戒，柯悟迟的《漏网喁鱼集》便记载，“廿六日，（苏州）城垣克复，贼见势不谐，遂将大贼目擒献，自相杀害不少，惟伪忠王早已遁去，其余各伪王尽为所杀。抚军（李鸿章）即入城，谕：凡是苏属口音者，悉放归，南京以上，不分良莠尽杀。” 甚至有野史说，程学启仅在城内双塔寺庭院，就杀了三万太平军降兵。
李鸿章是二十九日入城，并非二十六日，当时大局已定，他还下如此可怕的命令，可能性甚微。杀三万降兵，那是一种怎样的情形？加班加点，手不停挥，也得杀几天几夜。梁启超在《李鸿章传》中说，程学启“并杀余党之强御者千余，余众俱降”，即只杀了对八王将死忠的千余亲兵。
杀降引起轩然大波，成了“国际事件”。戈登为此事所写的一份十分详细的备忘录，被全文收录在英国人呤唎（A.F.Lindley）的著作《太平天国革命亲历记》中，备忘录中没有提及有大规模杀俘、杀降和屠城事件。柯悟迟并非淮军中人，他所记录的，很可能只是坊间传闻。
如果说柯悟迟关于李鸿章屠城的记载是道听途说的话，那么，他记录的五个月后苏州的情形，就是亲眼所见了，他写道：“三月中，吾附毕俊卿舟到苏州，六门城外，竟无片瓦留存，惟山塘一街，依然热闹，皆焚毁后贼重新盖造。城中西半城亦是白地，东半城所剩十之五六分，前所往来街巷，今无从问津。最惜者，千百年名迹，尽为堙没；笙管楼台，俱为灰烬。”一座千年名城被糟蹋成这个样子，委实令人唏嘘不已。
李鸿章面对的最棘手的问题，是城内降兵、难民多达二十万人，遣散工作，刻不容缓。籍贯为广东、湖南、湖北、江西的，逐一发旅费，递送回籍；安徽、江苏、浙江的，就地资遣安置。这项工作，本已十分艰巨，而八王将被杀为乱哄哄的局势又添加了额外的风险。
由于杀降引起的反响极其强烈，李鸿章甚至有点后悔，他对程学启说：“君亦降人也，何为已甚。”这句话对程学启刺激很深，他的自尊心被大大地伤害了，他觉得自己一片丹心被当成狗肺，失望伤心透顶，一跺脚准备引军他去。有人连夜将此事报告给李鸿章，李鸿章又赶到程学启的军营，安抚一番。
