他的研究是中西方音乐的一座桥梁，他一方面积极研究中国音乐史，把中国音乐文化介绍到国外，另一方面又广泛研究西方音乐，并把它介绍到国内。他一方面对中国音乐的乐律、调式、乐器、乐队、器乐、诗乐以及音乐思想进行归纳整理，向欧洲人介绍中国音乐发展；另一方面，则通过译著编选，全面、系统地向国内介绍西方音乐文化。他既立足于中国传统音乐文化，又注意吸收借鉴西方音乐文化，为创造具有民族性的新音乐而努力着，以最终实现用“音乐再造中华民族”的梦想。他在音乐学研究中追求的重要目标就是要推动创造中国的“国乐”，什么是“国乐”？“就是一种音乐，足以发扬光大该民族的向上精神，而其价值又同时为国际之间所公认”。他主张立足本民族的音乐及文化传统，建立本民族特有的音乐体系。“这种国乐的责任，就在将中华民族的根本精神表现出来，使一般民众听了，无不手舞足蹈，立志向上”。他以南北朝至明清中外音乐相互交流的历史，说明我国音乐在吸收外来因素中而得到极大丰富，但又始终保持了本民族自身的特色，并对外国音乐的发展起着重要的影响。他要求在研究我国古代音乐及民间音乐的基础上，利用西洋乐理使我国民族音乐能适应现今时代潮流，并为民众所接受。他强调“伟大国乐”绝不能“以西乐代庖”，更不能依靠“洋音乐家”。他考证中国古代乐制的“三分损益法”与希腊学者毕达哥拉斯的定律并不存在源流关系，驳斥了所谓“中国乐制源自希腊说”。他撰写了大量向欧洲各国介绍中国音乐的论文，其中还包括为1929年《大英百科全书》和《意大利百科大辞典》撰写的有关中国音乐的条目。他认为“音乐作品是含有民族性的，非如其他学术可以尽采西洋，必须吾人自行创造”。同时，他也非常重视利用外国音乐的长处，认为“音乐主要之点，全在乐中所含意义，形式方面，尽可取自他人”。为了搭建中西音乐文化桥梁并借鉴外来经验，王光祈通过著述，全面、系统地向国内介绍西方音乐文化，用当时德国的比较音乐学方法，写成《东西乐制之研究》《东方民族之音乐》《德国人之音乐生活》《千百年间中国音乐与西方音乐的关系》《欧洲音乐进化论》《西洋名曲解说》《西洋音乐史纲要》等著作。
“吾之志，在以乐为学，而不以乐为技。……吾国先民音乐之素养，视各国为深。吾尤将发湮抉微，张皇幽渺，使吾国音乐亦得与欧洲各国，分占一席，一洗外人讥我为无耳民族之耻。”在王光祈眼中，“音乐是人类生活的表现”。在王光祈所撰写的《中国音乐史》一书中，他说，“余留德十余年，皆系卖文为活，自食其力，即本书一点成绩，亦系十年来孤苦奋斗的结果。”他的研究受到很多学者的肯定，日本音乐学家岸边成雄这样评价《中国音乐史》：“将中国音乐史研究提高到世界水平的，则是王光祈先生及他的《中国音乐史》。”德国波恩大学东方学院院长、教授卡勒博士则这样评价王光祈：“他在研究院无时不以最大的努力和确定的态度来工作，他是一个静默稳重的人，只有很接近地去细细认识他，方可以了解他的伟大。”“他努力介绍西方音乐的精华到中国去，并且应用西洋的方法去整理那至今还未有人碰过的材料；在这一方面，他可以算是第一个前驱者”。
