1930年6月，红五军扩编为红三军团后，杨奇清被分派到第一师政治部宣传队当宣传员。这年12月，国民党军向中央革命根据地发起了第一次“围剿”。杨清说，父亲参加了这次反“围剿”战斗。战后，杨奇清从宣传队调往一师三团三连任党代表（后改称指导员）。
此时，杨益德已被捕，在经受敌人的长期残酷折磨后已是腿断身残，奄奄一息，却死守着党的机密。杨益德最后被刽子手斩首示众。怀着父亲被害的强烈悲痛和对敌人的无比仇恨，杨奇清率领三连全体战士英勇投入第二次与第三次反“围剿”中，他身先士卒，猛打猛冲。
1933年5月，杨奇清被推荐进入国家政治保卫局保卫人员训练班学习。从此，他走上了保卫工作岗位，开始了几十年的保卫工作历程。结业后，他被分配到红三军团一师任特派员。这年9月，被调往红三军团保卫局任执行科科长，后先后改任执行部部长、侦察部部长。
1934年10月，中央红军被迫退出中央革命根据地，开始长征。12月，红军进入贵州，杨奇清由侦察部又调回执行部任部长，并由他兼管侦察部。杨奇清的权力更大了，肩上的担子也更重了。为了保卫首长和要害部门的安全，维护通讯联络的畅通，杨奇清经常不避艰险，不畏饥寒，哪里需要，他就出现在哪里。
为了给军团各级首长配备合格的警卫人员，杨奇清利用战斗间隙休整的机会举办警卫人员训练班，挑选政治可靠、勇敢机智、胆大心细、吃苦耐劳、身体健壮的青年进行训练，培养出一批批忠于职守的优秀警卫人员。他工作尽忠尽职，不仅使领导同志的安全没有出过什么问题，而且在照顾领导同志的生活上也细致入微。每个警卫员除了要拿行李、武器外，每天还要带齐饭菜、马灯、水壶、洋蜡、火柴等物品。因此，首长们白天随部队行军，晚上一到宿营地就能及时开始工作。
杨奇清对保卫干部和警卫员既十分严格，又十分关心。1934年12月，红军经过广西龙胜、三江一带时，由于广西军阀白崇禧实行空室清野政策，沿途找不到颗粒粮食，红军补给困难，饥饿现象严重，致使掉队情况时有发生。杨奇清从保卫工作的特殊性出发，强调绝不容许警卫人员掉队和失踪。可是就在部队急行军抵达湘黔边界时，他发现缺少一个警卫员，担心落入敌人之手而泄露军事机密，要求警卫科长赶紧返回沿途仔细寻找，直至在一山沟里找到因饿昏而滚落的警卫员。长征途中，杨奇清还多次负责保卫毛泽东、周恩来等中央领导的安全。
1935年6月，中央红军与张国焘率领的红四方面军在四川懋功地区会师后，为了统一指挥两大方面军作战，中共中央召开了“两河口会议”，会议决定由张国焘任红军总政委、中革军委副主席。但张国焘反对中央关于红军北上建立川陕甘苏区根据地的决定，进行分裂党和红军的活动，10月率部南下川康，在卓木碉宣布另立“中央”，并通缉毛泽东、张闻天、周恩来等人。
