为此，中央书记处召开紧急会议，决定率中央机关及一、三军团立即脱离险区，先行北上。可是，由邓发率领的中央第二梯队还在二十里以外的阿里，而该梯队中还有一大批党的高级干部，必须立即通知第二梯队而又不能让张国焘发现，以免他调动大军对中央采取阻挠行动。负责这次紧急会议安全保卫工作的时任三军团保卫局执行部长杨奇清被毛泽东、周恩来、彭德怀、杨尚昆叫了过去，并由彭德怀简明扼要地告诉他要把中央的紧急命令尽快送到第二梯队。杨奇清应声请战：“我亲自送！”毛泽东摇了摇头：“你目标太大。”周恩来与彭德怀也表示了同样的意见：不到万不得已，杨奇清不要出马，因为张国焘知道杨奇清的重要性，还因为张国焘已经派出不少密探在暗中监视党中央——如果杨奇清在这非常时刻离开党中央驻地前往第二梯队，就必然会被密探们发觉而报告张国焘，引起怀疑。
杨奇清立刻找到政治可靠、办事干练的保卫局执行部预审员叶运高，让他来担当此次紧急送信的特殊任务：“你跑步前进，不得有误。8点出发，9点以前务必将命令亲自交给邓发同志。第二梯队在凌晨3点前必须全部赶到阿西。已经给你选好了一个手枪班，在路上如果遇到拦阻、人数不多就干掉；如果对方人多，就设法突围；万一你被他们抓住，一定要把信毁掉。”
很快，中央密令送到了第二梯队。第二梯队及时转移，与中央机关和一、三军团迅速撤离了危险区。等到张国焘收到密探们传来的情报时，中央红军已远在几十里之外，他已经鞭长莫及了。
1935年10月，中国工农红军第一方面军到达陕北。中央决定将徐海东部与刘志丹部合并组成红十五军团，调杨奇清担任十五军团保卫局局长。次年6月，红十五军团与红一军团合并组成西征军向陇东进发，巩固和扩大陕甘根据地并接应二、四方面军出草地。随后，红十五军团又为了打击国民党顽固派马步芳的反动势力，开辟陕甘宁边区，进行西征。杨奇清负责西征军的情报工作。他部署军团保卫局的干部们通过广泛地做沿途百姓的工作，建立起情报工作，详细了解敌人各方面的情况，使十五军团的行动决策能做到“知己知彼，百战不殆”。
1936年12月西安事变后，红军主力进驻陕西三原、耀县一带，杨奇清任中国工农红军前敌司令部保卫部部长。为了适应革命形势发展的需要，他在三原云阳镇举办了较大规模的保卫干部训练队，既轮训在职的保卫干部，也吸收一些优秀的知识青年党员，对于提高保卫干部的素质、扩大保卫干部的队伍起了重要作用。杨奇清不但要处理训练队的各项事务，而且还亲自给学员讲课。这个训练队的绝大部分学员，后来都成了保卫战线的骨干。
