这时王云五已经58岁。他以经济管理专家自任，标榜自己“不是去做官，而是去做事”。但因蒋介石发动全面内战，经济萧条，物价飞涨，经济部无力管制，王亦束手无策。第二年，他又升任为行政院副院长。
1948年5月，“行宪内阁”成立，王云五参加“ 行宪国大”，任行政院政务委员兼财政部长。当时，国民党军事、政治和财政经济面临全面崩溃之势。为挽救濒于崩溃的经济，他在蒋介石的授意下，提出币制改制方案，以金圆券代替法币，限制物价，并获通过执行，但不久即遭到失败。金圆券大幅贬值，成为历史上最不值钱的纸币之一。
王云五本非最高决策人，但却是这一改革的始作俑者，故一时成为众矢之的，遭到各方面的弹劾，被迫引咎辞职，悄然离开南京去了广州。
从做财政部长到辞职，不过半年时间，可谓春风得意地来，狼狈不堪地走。
由于王云五从政时位居国民政府高官要职，且一贯支持国民党和蒋介石、积极反共，加之他设计的金融改革方案又闹得天怒人怨，因此在1948年12月25日新华社发布的43名战犯名单中，他被列为第15号战犯。
无奈之下，王云五继续南迁，到了香港。这时，蒋介石不断带信让他去台湾，1949年4月，王云五飞赴台湾，面见蒋介石，他表达了继续做出版社的意愿，蒋同意，并且拨款15万元新台币，作为新出版社华国出版社的开办费。
年底，华国出版社在港、台两地同时开业，王云五任社长，另聘了几个人做助理。这个出版社尽管是民营的，但因为有蒋介石的拨款，因此必然在出书方针上坚持反共立场，这一点王云五本人也不讳言。王云五的多种译著由该社出版，大多是一些适应冷战需要的宣传性读物，没有多少学术价值。
王云五在香港期间，除了做出版社，还领头成立了“自由人”组织和《自由人》杂志，这些“自由人”均为反共人士，本想在王云五领导下大干一场，不成想他却走了。王云五于1951年1月离开香港，去往台湾定居。
虽然到了台湾，香港的事王云五也管着。1952年3月15日， 在台“自由人”举行全体会议，由王云五主持，将《自由人》刊物的立论态度定为：“除积极地主张民主自由，消极地反共抗俄外，并须维护现行宪法倡导议会政治”，“凡外界对台湾有恶意攻击影响国本时，应予驳斥”，并增加刊物的新闻性和趣味性，以增加销路。
1955年3月，《自由人》又捅了娄子，其所刊载的文章论及扬子公司在上海时期的贪污案，批评了孔祥熙。国民党当局大为光火，决定直接干涉。在当局的威逼下，王云五写信给《自由人》刊物在港负责人左舜生，通知停刊决定。不料左舜生等人对国民党的专制行为颇为反感，明确表示反对停刊。从此，香港“自由人”自行其是，不再受王云五、阮毅成等约束。
