北大学生得知蔡元培辞职的消息后，立即召集代表会议，议决致函傅增湘，要求“万勿允准辞职”，“以维学务而平舆情”。
北大教职员亦召开全体会议，作出“如蔡不留，即一致总辞职”的决议，并推举李大钊、马叙伦、马寅初等8人为代表赴教育部，要求政府挽留蔡先生。
在声势浩大、长达数月的北大师生的挽留中，蔡元培又回了北大。但改革之初的甜蜜和宁静仿佛不复再有，改革巅峰的繁华和美景也仿佛不复再有。
许多年之后，蔡元培在《我在北京大学的经历》一文中写道：我对于学生运动素有一种成见，以为学生在学校里面应以求学为第一目的，不应有何等政治的组织。年在20岁以上者，对于组织有特殊兴趣者，可以个人资格参加政治团体，不必牵涉学校。
蔡元培认为，学生在大学里，研究学问始终是第一位的，始终不愿学生涉足政治。正如前文所提，早在1917年1月9日，他在北大发表首次演说就提到：“大学是研究高深学问的地方，学生进大学不应仍抱科举时代思想，以大学为取得官吏资格之机关。应当以研究学术为天责，不当以大学为升官发财之阶梯。必须抱定为求学而来之正大宗旨，才能步入正轨。”
他本人在北大也不想涉足政治。1917年3月15日，蔡元培担任北大校长不久，在写给汪精卫的信里说：“弟进京后，受各政团招待时，竟老实揭出不涉政界的决心。”1918年1月14日，他写信给吴稚晖：“弟虽在京师，然誓不与闻政治，至今已成习惯，惟校务太忙，无暇读书，亦终日为人役耳。”1925年5月13日，他给胡适回信：“承示北大当确定方针，纯从研究学问方面进行，弟极端赞同。”他说的是肺腑之言，也是他一直想做的，却因时局的动荡，始终没有做到。
1924年12月4日，他给北大毕业的傅斯年、罗家伦写信，口口声声自称“弟”，而不是以师长自居，说到北大，他说：“校中同人往往误以‘天之功’一部分归诸弟，而视弟之进退为有重要之关系。在弟个人观察实并不如此……然弟始终注重在‘研究学术’方面之提倡，于其它对外发展诸端，纯然由若干教员与若干学生随其个性所趋而自由申张，弟不过不加以阻力，非有所助力也……现在如国学研究所等，稍稍有‘研究’之雏形者，仍恃有几许教员、几许学生循其个性所趋而自由申张，弟亦非有所助力也。”
他说自己研究学术的兴趣随年而增加，所以也鼓励学生研究学术。但他从不主张学生死读书，而是支持学生参加各种社团活动。认为通过学生自治，“由学生传之各地方，一定可以提起国民自治的精神”。傅斯年、罗家伦以后分别做过北大、清华的校长， 当年都是学生社团的积极分子，也是五四游行的发起者。
提倡学生参与社团，蔡元培还有一个用意，就是针对腐败的旧习惯。他在《我在教育界的经验》中自述：提倡进德会（此会为明国元年吴稚晖、李、张溥泉、汪精卫诸君发起，有不赌、不嫖、不娶妾的三条基本戒；又有不作官吏、不作议员、不饮酒、不食肉、不吸烟的五条选认戒），以挽奔竞及游荡的旧习；助成体育会、音乐会、画法研究会、书法研究会，以供正当的消遣；成立消费公社、学生银行、校役夜班、平民学校、平民讲演团与《新潮》等杂志，以发扬学生自动的精神，养成服务社会的能力。
据当年的学生顾颉刚后来回忆：“北大学生本来毫无组织，蔡先生来后，就把每班的班长召来，劝他们每一系成立一个学会……靠了蔡先生的敦促和领导，以及学校在经费上的帮助，许多会居然组织起来了。不但每系有会，而且书法研究会、画法研究会、音乐会、辩论会、武术会、静坐会……校中尽有消遣的地方，打牌听戏的兴致也就减少了许多。”
