1918年初，画家陈衡恪到北大作讲座，之后成立了“画法研究会”。2月4日，蔡元培写给陈衡恪的信中说：“日前承临校讲演，同人甚为感动。现在报名于画法研究会者，已有七十余人。拟刻期开办，惟会章须请先生审定，然后
宣布。”
同年10月20日，北大学生邓中夏、许德珩、段锡朋、周炳琳等发起“国民社”，蔡元培亲自出席成立大会，并为《国民》创刊号写序。12月3日，北大学生傅斯年、罗家伦、毛子水、俞平伯、顾颉刚、朱自清、冯友兰等成立新潮社，出版《新潮》杂志，蔡元培亲自题写刊名，经他和陈独秀同意，由学校垫付印刷费，提供北大红楼一层二十二号作为社址，发行也由学校出版部兼办。
据罗家伦回忆，蔡先生这个人虽然懦懦弱弱、有求必应，但是在大节上面确实很强硬。有人拿了《新潮》杂志给总统徐世昌，徐发现里面有一篇《女子贞操问题》，大怒，说：“现在青年思想到这个地步，还得了！”立刻把傅增湘找来，说要查办北大。傅增湘授意蔡先生，要他辞退复古派眼里的“北大四凶”陈独秀、胡适、傅斯年、罗家伦，他始终不肯，并以去就力争。
其实，北大既有主张白话文、新思潮的《新潮》，也有主张文言文、昌明中国固有学术的《国故》，由刘师培、黄侃等老师支持部分学生创办，同样得到校方支持。1919年4月2日，蔡元培在回复傅增湘的信中说：“敝校一部分学生所组之《新潮》出版以后，又有《国故》之发行，新旧共张，无所缺倚。在学生则随其好尚，各尊所闻。当事之员，亦甚愿百虑殊途，不拘一格以容纳之。局外人每于大学内情有误会之处……大学兼容并包之宗旨，实为国学发展之资。”
“教授治校，此为北大之特长”
1919年5月10日，蔡元培辞职南下后，在致北大同学的信中说：“北京大学之教授会，已有成效，教务处亦已组成，校长一人之去留，决无妨于校务。”
蔡元培担负北大校长名义10年，实际在校时间合计不过5年半。他离校期间，北大按他确定的办学方针运转正常，固然靠蒋梦麟、胡适这些人，同样重要甚至更重要的是他奠定的教授治校制度。
曾为北大教授的顾孟余回忆：“先生长北大数年，以政治环境关系，在校之时少，而离校之时多。离校之时，校务不但不陷停顿，且能依计划以进行者，则以先生已树立评议会及各种委员会等之制度，决定政策，以分工方法，处理各种兴革事宜。然而非校长之清公雅量，则此制度不克成立；非师生绝对信赖校长，此制度不易推行也。”
早在1912年，蔡元培在教育总长任上颁行的《大学令》，即规定大学要建立评议会、教授会，并对其权限作了相应规定。1917年，他主持创立北大评议会，作为全校最高立法机构和权力机构。校长和各科学长为当然评议员，教授代表按文、理、法、工各科的本科和预科分别推举两人。胡适、沈尹默、陶孟和等14人成为第—届评议会中的教授代表。李书华教授回忆：“我曾被选作过评议员，目睹开会时对于各种议案的争辩，有时极为激烈。”
按蔡元培的设想，学校的行政、教务和事务三方面需分别设立委员会，由相关教授为委员。他说：“照此办法，学校的内部，组织完备，无论何人来任校长，都不能任意办事。即使照德国办法，一年换一个校长，还成问题吗？”
1919年12月，北大通过内部组织试行章程，规定评议会仍为全校最高立法机关和权力机关，同时建立以下几个机构：（一）行政会议，作为全校最高行政机构和执行机关，负责实施评议会议决的事项，成员以教授为限。（二）教务会议及教务处，由各学系主任组成，负责全校的教学工作。马寅初、顾孟余、胡适等先后担任过教务长。（三）总务处，主管全校的人事和事务工作。
