中国佛教和印度不一样，神权不能凌驾于王权之上。王权能做到的最多是喜欢，还要看你伤不伤害到我的利益。要伤害，对不起，你就要靠边了。不惟对佛教，对其他宗教也是如此。
桓玄一直对沙门有兴趣。这年他又搞了个沙门应该敬王者的争论。大概是为自己以后登宝座做准备。往根本上说，这是儒家与佛家之争。
桓玄强调君权至上、礼教一体，坚持要以儒家的规则来约束佛教。
桓玄想重新书写历史，也想要沙门敬拜王者。将其意书示慧远，他想听听慧远的意见。为此慧远五次和桓玄通信，表达看法，这就是后来著名的《沙门不敬王者论》，文中他明确表示沙门超俗，可以不受朝廷俗礼的约束。但佛教应维护王权。
慧远一方面坚持了佛教中平等观的思想，无论王者百姓皆是众生，在宗教的立场上没有贵贱差别，因而无须跪拜王者；另一方面他也向儒家传统作了妥协，提出佛教的根本宗旨与儒家是不相违背的。慧远以他独特的智慧超越了佛、儒之间“相违”或者“不违”的问题，化解了佛、儒的矛盾，回避了这一矛盾的核心。
桓玄终于放弃了争论，不了了之。就是在他登上皇位后，也没有再提这个问题，或者是自顾不暇，没有这个能力。后世有论者说慧远向王权妥协，这是站着说话不腰疼。当时不灵活作些妥协，桓玄能答应吗？宗教有着很好的排他性和灵活性。要看高僧如何运用得当，做到有理、有利、有节。
