可就是这些性能不怎么样的船，制造的成本却极高。当时中国造船业硬件、软件都极其缺乏，江南制造总局不仅需要雇用洋人做全程技术指导，而且一切造船材料都要从国外进口。原材料、运费、关税、洋人的技术指导费用都不是一笔小数目，这就导致在中国造一艘旧式船比从外国直接购买一艘新式船所花费的钱还要多。最后造成的怪现象就是：在中国，造船不如买船。加之江南制造总局又是官办性质，只管生产，没有效益和利润支撑，长此以往必然如小龟驼山难堪重负。几年之后，江南制造总局不得不停止了轮船生产，把精力主要集中在枪炮生产上。从此，枪炮和弹药的生产成了江南制造总局最主要的业务。
但问题就是问题，它永远客观存在，不去解决而选择逃避，就会永远成为阻碍发展的柱子，绕不过去。江南制造总局在轮船生产中存在的问题在枪炮的生产中同样存在。江南制造总局以美国林明敦枪为主要仿造目标，经过无数次的试验，终于成功造出外形和林明敦枪完全一样，性能也相差无几的枪支。但悲剧的是此时国际上的制枪技术又有了大的改良和发展，林明敦枪已经变成了陈旧的样式，濒临被淘汰的边缘。更为悲剧的是，如此千辛万苦造出来的枪在军队中根本没有市场，大家都因为枪支过时而不愿意要。至于弹药生产，更是惨不忍睹，由江南制造总局生产出的弹药经检验被定为纯净度差、不适宜用于新式枪炮，以至于到了甲午战争中使用的栗色药饼仍是依靠进口获得的。机器设备简陋、技术人员不足、资金缺乏、管理混乱，这些问题从江南制造总局的诞生开始就伴随着它，使它成为同时代技术的“跛足者”，它所生产的任何产品都不能紧跟时代发展的步伐。
尽管江南制造总局问题缠身，但不可否认的是它作为李鸿章亲自创建的当时中国最大的军工企业，是那个时代中国军事工业发展历程中的标杆，它制造出了中国第一艘兵轮、第一台车床、第一磅近代火药、第一炉钢，也培养出了中国第一批工程技术人员。它像是刚学习走路的婴儿，一次又一次地摔跤，却一次又一次地爬起来继续缓慢前进。而李鸿章在创办“自强”军事工业中开辟新风气，引进新技术，所表现出的大胆与创新精神也令人敬佩不已，不得不承认，敢于冒天下之大不韪的李鸿章是非常勇敢的。
金陵机器制造局的前身是成立于1863年的松江洋炮局（又称上海洋炮局)和同年成立的苏州洋炮局。它从成立伊始，就和一个叫马格里的英国军医有着千丝万缕的联系。
1863年，淮军与外国军队联合进攻太平军的过程中，英军第99联队军医马格里向李鸿章建议中国应建立自己的军火工业。鉴于中国没有军火工业基础，马格里亲自带领工匠，用手工方式土法制造出一些炮弹、药引和炮门纸管自来火，经检验还真能用。李鸿章一看，这是人才呀，赶紧将马格里收为己用，拨款又拨人，就在松江附近的一所庙宇中筹建了上海洋炮局。李鸿章将这个炮局分为三个分厂，其中一个厂让马格里和刘佐禹共同领导，这样马格里就成为中国近代工业史上第一个外籍厂长。
1863年l2月，李鸿章率淮军攻占苏州之后，便将松江洋炮局迁往苏州，扩建成苏州炮局。时隔不久，发生了“阿思本舰队事件”，该舰队被勒令回国后留下一套制造、维修军火的机器设备，其中包括蒸汽锅炉、化铁炉、铁水包和各种机床等，号称“水上兵工厂”。在马格里的力荐下，李鸿章迅速出手买下了这套设备。这一举措使得该厂成为江苏省、也是中国第一个引进西方技术和设备并具有机械化生产能力的企业。1865年，李鸿章由江苏巡抚升为两江总督，遂将苏州炮局的机器设备和工作人员全部迁至南京，将其扩建为金陵机器局，又称江宁机器局，简称宁局。
