李鸿章对金陵机器局的定位，是把它和自己发家的淮军紧紧相连的，将它打造成淮军的“军火库”，所以宁局的经费最初是从淮军军饷调拨的，每年大约五万两银子，一些特别项目如制造火药、火箭，还可以另支经费。作为一家专门制造枪炮的军事工厂，金陵机器局制造的枪炮也多是供应淮军。
虽然1866年李鸿章奉命北上剿捻，之后又出任湖广总督，1870年调任为直隶总督兼北洋大臣长驻北方，随后淮军也随着他北调，但淮军与金陵机器局的这种关系一直保持不变，此后金陵机器局的产品大部分运往天津，用来装备淮军和建设北洋防务。这种空间上的变换也没能影响李鸿章对金陵机器局的严密控制，他时常通过自己的旧部和亲信对宁局进行某种程度的遥控。
李鸿章之所以有这样的做法，正是因为他对晚清政治格局、官场格局有着比较清醒的认识和应对之策。他从曾老师湘军的没落和老师的失势中早已看到了问题的实质：作为一个汉族官员，要想在清朝上层统治圈内站稳脚跟、步步高升，必须牢牢抓住枪杆子，以此作为他的实力基础和加官晋爵的资本。
虽然李鸿章的政治头脑一直很清醒，也精于为官之道，但他和那个时代的许多“中兴名臣”一样，都缺乏现代企业的管理理念和思维，所以他所负责的几个军工企业都运行得一塌糊涂，投入和产出经常不成正比。
曾有一个参观过金陵机器局的外国人这样评价道：“总办和官吏们似乎不了解他们在制造什么，为什么制造。机器是现代化的、头等的，但用来制造过时的无用军需物品。他们正在大量地制造一种小炮，只能发射一磅重的炮弹，也有几座五磅重的克虏伯式的炮，但没有炮车，据说是叫炮兵抬着走……大部分的机器用来制造抬枪。”
从中可以看出，金陵机器局虽然可以算是当时的中型兵工厂，但是军工生产的质量实在不敢恭维，例如早期宁局所造的较大的炮台炮常常爆炸，几乎生产的每一尊大炮都有危险，在制造炮械方面和国际水准简直不可同日而语。
究其原因，除了管理观念之外，还有用人方面的盲目性，这里不得不又说到那位英国人马格里。他和李鸿章最初的渊源来自其调和者的身份，当时李鸿章因故意破坏约定杀太平军降将和戈登闹翻后，为了不引发大的外交事件，李鸿章拜托马格里去做戈登的工作，两人最终达成谅解。李鸿章和马格里的友谊由此开始，创建苏州炮局时两人进一步发展为工作伙伴关系。
李鸿章这人有个特点，就是疑人不用，用人不疑，看到人的长处就大胆放心地用，也不计较此人的道德品质问题。这种不拘一格用人才的性格确实能招来一批能干活的洋务人才，但另一方面对人才不加甄别、不加约束，也容易导致人的腐败与变坏。
马格里就是一个典型的例子。李鸿章对他一直很信任，放手把金陵机器局交给他运作，派他去欧洲为金陵机器局采购机器设备，招聘技术人员，不仅保荐他获得清朝三品顶戴并加道员虚衔，还拨款两千两白银为他建了豪华私人别墅，特批他拥有一支公费开支的十多人的私人卫队。刚开始马格里对李鸿章也是挺感恩的，工作也比较卖力，亲手组织试制火箭等新式武器并获得成功。但是日子长了，随着权力的扩大和监督的缺失，马格里越来越专横跋扈，他不仅乱开支还垄断技术，出国考察时又大把地挥霍公款，制造的产品出现严重的质量问题。
1875年大沽炮台发生严重的爆炸事故，金陵机器局所制造的两尊发射68磅重炮弹的大炮在试发时爆炸，当场炸死士兵7人。这时李鸿章才认识到马格里有问题，慌忙把马格里招来天津让他主动承认错误，担起事故责任。没想到马格里竟然态度强硬，坚决不认错，李鸿章只好把他辞退了。可是管理混乱的问题并没有因为马格里的离去而消失，接手主持局务的是更加不懂军工的封建官僚，经营更为腐败。
