抗战期间，潘汉年被任命为第十八集团军驻沪办事处主任。他在香港、上海、南京等地周旋于日、伪、顽之间，领导地下党多次取得重要战略情报，还在敌战区与解放区之间建立了极为重要的地下交通线。解放战争中，为筹备召开新的政治协商会议，需要组织大批民主党派领导人、工商业家、文化界人士，从西南、西北、华中、上海等地秘密转到香港，再租船把他们送往解放区。夏衍后来说过：“这件事，用现在的话说，完全是由汉年同志‘牵头’的，事无巨细，从要到华北去参加新政协的人士们从内地到香港起，欢迎、宴请、商谈、帮助他们安顿家务，一直到妥善地送他们上船为止，他无时无刻不为这些事操心。”在国共两党分裂、合作、再分裂的过程中，在“你中有我，我中有你”之类的斗争中，潘汉年长期处于特定的环境下，站在最前沿的阵地上，忠心耿耿地为党工作了几十年。
在党内，由于工作关系，陈云是与潘汉年最熟悉的领导人之一，也是最了解潘汉年的人之一。要论对党忠诚，陈云深知，潘汉年绝对称得上“绝无二心”。然而，由于历史的复杂性，进入和平时期，潘汉年的历史轨迹被人为地扭曲了。
新中国成立后，潘汉年留在了他熟悉的上海工作，先后担任中共上海市委第三书记、第一副市长等职。到了1955年，厄运降临到潘汉年头上。这年，中国大陆反对美蒋“共同防御条约”的热潮一浪高过一浪，与台湾敌对势力的斗争也进一步升级。潘汉年作为反特前辈、上海市的重要领导人，在公众面前露了几次面以后，却突然以反面人物的形象在中国的政治舞台上消失了……
1955年1月初，潘汉年以中共上海市委第三书记的身份，在上海市各界代表集会上，号召大家以实际行动粉碎美蒋“共同防御条约”。他郑重提出：“上海处在解放台湾斗争的前线，因此，上海人民在解放台湾的斗争中，负有重大的责任。”
1955年2月12日，潘汉年在上海市第一届人民代表大会第二次会议上，当选为上海市第一副市长，陈毅当选为上海市市长。第二天，潘汉年以上海市中苏友好协会副会长身份在庆祝中苏友好同盟互助条约签订五周年大会上做报告，他提出号召，要人们“坚决完成我国第一个五年计划第三年的巨大任务，以实际行动支持解放台湾的正义斗争，粉碎美帝国主义的侵略计划和战争政策，保卫远东和世界和平。”
1955年3月15日，潘汉年以副市长身份在上海中苏友好大厦，主持了“苏联经济及文化建设成就展览会”开幕式。开幕式上，他仍提出，上海人民要以实际行动响应毛主席的号召，来进一步巩固中苏两国的伟大友谊，为支援人民解放军解放台湾、保卫世界和平、反对美国侵略而奋斗，为把我们的祖国建设成为一个伟大的社会主义国家而奋斗。
“问题”出在4月。
1955年4月初，潘汉年在全国性的党代表会议期间，以他对党的坦诚，主动向党组织交代了他在抗战期间的一次经历：一次去敌占区工作时，被人挟持到南京，会见了汪精卫。没想到的是，潘汉年的坦诚，成了他被打成“内奸”的导火线。
本来是在特殊斗争环境中发生的一件历史陈案，又是潘汉年自己主动交代的，按党的原则不应成其为“问题”。但是，在那种特殊的年代，特殊的背景下，潘汉年作为长期在复杂的隐蔽战线工作的高级干部，被放到了党内肃反工作中去考查。很快被怀疑为“内奸”遭到逮捕。
当年7月，就在全国人大常委会宣布潘汉年因为已经发现“有进行反革命活动的证据”而被逮捕审判后，有的不明真相的代表在全国人大一届二次会议期间提出：要求大会建议政府对“反党反人民”的潘汉年等人“予以严厉惩处”。不明真相的“人民代表”，居然将昔日的人民功臣当成了“隐藏在人民内部的反革命分子”。
