1963年，最高人民法院做出终审判决，认定潘汉年的所谓罪行是：1936年在国共谈判中投降国民党；1940年前后投靠日本特务机关和秘密会见汪精卫；在上海解放后掩护大批反革命分子并向台湾供给情报，引起“二六轰炸”。根据这三条罪名，认定潘是“长期暗藏在中国共产党和国家机关内部的内奸分子”，判处有期徒刑15年，剥夺政治权利终身。
到了“文化大革命”中，潘汉年更是身心备受折磨。1970年潘汉年被改判无期徒刑，“永远开除出党”。1975年3月，潘汉年被下放湖南耒阳沫江农场安置，作为“特殊犯人”接受管制。两年以后，潘汉年背着“反革命”、“内奸”的沉重历史包袱，在湖南长沙凄然病逝。
陈云对潘汉年的所谓历史问题，始终是有怀疑的，但是，在那种黑白颠倒的年代，他，甚至包括周恩来那样对潘汉年知根知底的领导人，都不可能改变潘汉年的命运……
历史进入拨乱反正的年代，作为新成立的中央纪律检查委员会第一书记，陈云终于有了为潘汉年鸣冤的机会。
中纪委成立后，陈云多次表示过：潘汉年秘密会见汪精卫的所谓“内奸嫌疑”是不存在的。如果他真心投敌，就不能解释刘晓领导下的上海地下党组织为什么能在整个抗日战争时期和解放战争时期完整地保持下来。上海“二六轰炸”更不可能是潘汉年利用国民党的秘密潜伏电台提供的情况，因为国民党在上海统治多年，杨树浦发电厂这样的目标早就是清清楚楚，用不着潘汉年提供情报。至于讲到1936年的国共谈判，陈云更是知情人，他说过：当时中央驻共产国际代表团的代表和主管同国民党接触的有三个人：王明、康生和我，如今只剩我一个了。我再不说话，没有人知道了。
陈云着手复查潘汉年案件，先找那些了解潘汉年的知情人。他找到抗战时期曾担任上海群众工作委员会书记和江苏省委书记长达12年之久的刘晓，请他写材料。又找了廖承志、夏衍等人，让他们将对潘汉年的了解写出系统的、具体的材料交给中纪委。
正是在重新调查潘汉年案的过程中，陈云因患重症而做手术。由于历史过去了多年，潘汉年案也沉冤二十几年，调查起来难度较大。要想翻过一个案子来，更是不容易。手术成功后，陈云抓紧时间督促潘汉年案的复查。
一年以后，眼看潘汉年案的复查有了一些重要进展，陈云于1980年12月23日让秘书打电话给公安部，要亲自调阅潘汉年案最后定案的全面材料。对从公安部调来的潘案材料，陈云仔细地研究了10天。
1981年元旦刚过，陈云便于1月3日再次让秘书给公安部打电话，请公安部迅速整理一份有关潘案处理过程的梗概报告，送往中纪委。1月16日，公安部遵照陈云的指示向中纪委递交了关于潘汉年一案的材料，如实地反映了潘案的处理过程。
在收集了大量材料的基础上，陈云打算正式向中央提出复查潘汉年案的建议。
1981年3月1日，陈云提笔给中共中央其他几位领导人写了一封信：
小平、先念、耀邦、紫阳同志：
1979年10月，我曾写一条子给耀邦同志，我认为潘汉年的案件需要复查一下，我认为他当时并未真心投敌，否则不能解释刘晓同志领导下的上海党能完整地保持下来。潘汉年已于1977年死于劳改农场。连潘汉年的老婆董慧同志也已平反（也是1977年死的）。我收集了一些公安部的材料和与汉年同案人的材料。这些材料，并无潘投敌的材料确证。而且对于刘晓、刘长胜同志等能在上海保存下来反面提供了潘并未投敌出卖组织或某一个同志。我提议中央对潘汉年一案正式予以复查。这件事如中央同意，可交由中央纪律检查委员会办理。
陈云
1981年3月1日
随信，陈云还附上了廖承志给他写来的有关潘汉年问题的信。
