中纪委在开完第一次全会后，按陈云的有关指示精神，集中抓了为刘少奇平反和审理康生、谢富治两个阴谋家的案件。
刘少奇的所谓“叛徒、内奸、工贼”罪行的案件，显然是林彪、江青一伙一手制造的。1979年2月，中纪委会同中央组织部，将刘少奇一案进行了认真细致的复查。经过一年时间，对中共八届十二中全会通过的所谓《关于叛徒、内奸、工贼刘少奇罪行的审查报告》中提出的问题，逐项进行凋查核实。在大量的调查取证和对证研究之后，在充分的事实面前，林彪、江青一伙对刘少奇的诬陷之辞终归站不住脚。1980年2月，中共十一届五中全会决定，撤销八届十二中全会做出的决议，为刘少奇同志彻底平反昭雪，恢复名誉，并举行追悼会，同时对受牵连的人和事，凡属冤假错案的一律平反。
对冤假错案的始作俑者，中纪委并不放过。“文革”中，康生任中央文革小组顾问，谢富治把持专案组和公安部，此二人积极参与了林彪、“四人帮”反革命集团的篡党夺权活动，制造了大量冤假错案，陷害了一大批党政领导干部，是典型的反革命阴谋家。根据陈云的指示，中纪委认真调查了他们的问题，揭开了他们的真实面目。1980年10月，中纪委向中共中央递交了关于康生、谢富治问题的审查报告。据此，中共中央决定，开除他们的党籍，撤销在他们死时所致的悼词。
经陈云过问和领导平反的冤假错案有许许多多，不胜枚举。在其中的重大案件中，潘汉年的冤案，更是一起奇案。
1979年10月24日，就在陈云因患重症需要施行手术这天，国务院副总理姚依林到北京医院守候。手术前，姚依林对陈云的身体状况不是没有担心的。担心之余，他俯身到陈云跟前，轻声问：有什么需要交代的没有？
陈云答：有一事放心不下，就是潘汉年的所谓内奸问题。
随后，陈云交给姚依林一封短信，信是写给时任中共中央政治局委员的胡耀邦的。信的大意是，请他过问一下潘汉年案，此案需要重新审查。
潘汉年究竟是何许人，需要陈云在重病手术之前做如此托付？
新中国成立之前，人们很少知道潘汉年这个名字。因为他长期在周恩来直接领导下从事敌战区的隐蔽战线工作和开展港澳同胞和海外侨胞的统战工作。20世纪20年代初，潘汉年参加进步文艺运动，加入郭沫若、成仿吾等领导的“创造社”，主编过《洪水》等进步刊物，第一次国共合作时期，他在南昌、武汉等地担任过《革命军日报》总编辑、国民革命军总政治部宣传科长，建立了许多上层社会关系。大革命失败后，他在上海中共中央宣传部，负责文化、出版、文艺界的联络统战工作。他是中共中央直属的文化工作委员会（简称“文委”）的第一任书记，在文艺界赫赫有名的“左联”、“社联”、“剧联”的成立，一直是由潘汉年领导的。20世纪30年代，潘汉年在隐蔽战线更是功勋卓著。他曾经担任过中共政治保卫组织——中央特科的负责人。这个组织的主要任务是获取敌人情报、建立秘密交通、营救被捕同志、惩办叛徒奸细，并保卫中央领导同志和驻沪机关的安全。陈云曾在潘汉年之前担任过中央特科的负责人。1981年11月，陈云曾说过：“特科是周恩来同志直接领导下的党的战斗堡垒。特科是一个有战斗力的白区党的地下组织。”1934年年底潘汉年参加了长征，任中共中央宣传部副部长和红军总政治部宣传部部长。遵义会议后，中共中央决定由陈云和潘汉年等去上海恢复党的地下工作。同年，中共中央又派陈云和潘汉年同赴苏联，向共产国际报告中国情况。1936年“西安事变”后，潘汉年被中共中央任命为中共正式谈判代表，到南京和国民党谈判停止内战、合作抗日事宜。
