中共军队入北平前夕，朱家骅、胡适等曾三次安排陈垣上飞机离京，但陈垣决意留下。他自己陈述的理由是，对国民党无好感，而自己二十多年不问政治，不会有危险。在随后几年针对知识分子的思想改造运动中，陈垣表露了当时留京的心态：“我是抱着怀疑的心理要看一看，到底什么原因共产党能打败国民党的几百万军队？这一定有个道理。”一位京城著名校长、著作等身的老学人能有这样初步的思想倾向性，无疑让中共高层有所欣然和期盼。
对中共所指定的《新民主主义论》、《国际主义与民族主义》等理论书籍，陈垣始终持“认真阅读”（校党委评语）的态度。在一件带有“绝密”字样的校方整理《陈垣小传》（1958年12月）中写道：“解放以来他对党的领导是尊重的，时事学习从未间断，特别是对主席和中央其他负责同志的讲话或报告反复阅读。”1954年全国人大办公厅《情况汇编》第一期中曾记载，病中的陈垣不顾医嘱，仍执意要去参加全国人大小组会议，他说：“能参加这次大会感到很高兴，好久没看到毛主席了，一定要积蓄精力，参加有毛主席出席的会。”
有感于国家经济的迅速恢复和发展，他在不同层次的学习会上这样表述过：“解放区来的干部是好干部，共产党是一个不平常的党。”“对今天这样的政府之下的生活，还有什么理由对政治灰心，对政治不闻不问呢？”他有一句名言常常为统战部门的工作报告所引用：“过去几十年自己太无知了，恨自己接触党太晚了。”
1953年至1956年，陈垣在学校大小会上时常发言，大都是号召师生积极参加党的运动，努力配合政府各项任务。这些发言稿多是学校办公室年轻干部们帮忙起草的，讲话要点大都出自中共最新公布的文件精神，四平八稳，必然带有十足的概念化。但陈垣每次讲述起来都揉进不少激情，稍加一些个人发挥，减弱了草稿中社论一般的生硬程度。譬如1953年冬天因面粉供应紧张，市政府决定收缩供应并凭证售出。此事一出，遭致社会各界较大的不解和埋怨，也引起市委、市政府的不安和焦虑，赶紧布置相关的解释排忧的工作，希望将负面影响降至最低。陈垣为此在全校群众大会上积极阐发这一政策，希望师生多从正面理解和响应，他说：“解放四年的经验，使我们深刻认识到党和国家的一切政策都是以人民的最大利益出发的，大家应该信赖政府，从大处着眼，从长远利益的全局出发来考虑问题，不要只看到小的利益，要把好的执行，保证国家工业化的建设任务。”（见1953年11月6日市高校党委《各校教授对面粉计划供应的反映》）
这些言语确是充满政治上的刚性特点，没有老学者所推崇的柔美、滋润的文字长处，说到学者的嘴上多少有些纠结、拗口。从当年会议记录原稿来看，那几年陈垣应约念了不少这样强烈政治化的稿件，通过个人影响和名气来配合政府的诸多事务工作，以高度热情的语言姿态来化解一些学界的矛盾和困惑，其中肯定有真切的投入，也会有不自主的盲从和苦涩。
