然而，12 月12 日的南京城内却异常宁静。虽然大炮还在不断轰鸣，但程瑞芳记录道：“今日飞机不炸了。近两星期天气很暖和，虽为难民好，但也为敌人助战。”商店都关门了，难民们还在不断涌入安全区。但天黑后，异变突生。城市各处火光冲天，随着南京即将沦陷这一事实变得越来越显而易见，唐生智的手下开始放火焚烧首都的建筑物。
一位中国高级官员告诉约翰·拉贝，唐生智已于晚上8 点离开了南京。当难民们在安全区挤作一团时，唐生智的部队已经打完了他们的最后一战——那确实是一场激烈的抵抗。蒋介石离开后，他们已经浴血奋战了两天两夜，唐生智甚至拒绝了对方的劝降。但到了12 月12 日夜间，他确信这座城市已弹尽粮绝，再无一战之力。唐生智向麾下各师部发出命令，要求他们从城北大门处突破日军华中方面军的包围，放弃南京！
接到命令的士兵们争先恐后地逃窜，拥挤着穿过城墙，有的还在匆忙逃离时落入长江中淹死。在南京保卫战中，约有7 万人阵亡。城市的夜空被火光照亮，这并非日本人所为，而是中国军队自己将主要建筑都付之一炬。《纽约时报》记者窦奠安写道：“中国人几乎将整个郊区都点燃了，包括中山陵园里的精巧建筑和家居；下关成了一片烧得炭黑的废墟。日本人避免轰炸修在建筑密集区里的中国部队军营，显然是为了保护那些建筑物。交通部大楼是城里唯一被破坏的政府大楼，而那还是中国人自己放火烧的。”焚烧建筑物是这场战斗贯穿始终的一个特征：摧毁任何有价值的东西，拒绝将它们交给进犯的敌人。在这种绝望情绪的笼罩下，无论是国民党，还是共产党，都会选择将火把投向这些曾熠熠生辉的建筑。回顾10 月时，毛泽东就向党内 同志提出，若是守不住，就考虑焚烧太原。
