12 月13 日一早，日军踏入了南京。松井石根是日军华中方面军的最高司令，但因病只能由其副手，来自皇族的朝香宫鸠彦代替他担任南京一役的指挥官。此时的南京已经一片混乱，中山路这条象征着国民党期望实现现代化的林荫大道也不复旧貌。窦奠安写道：“中山路是一条长长的大街，街上污秽遍地，丢弃的制服、步枪、手枪、机关枪、野战炮、刀具和行囊随处可见。在有些地方，日本人不得不驾驶坦克碾压以清理路面。”
程瑞芳在其日记中记录了侵略者入城时的情形：“昨晚我军退了，今早没有听见大炮声。下午2 点，日兵由水西门进城了。看守学院大门的一名警察看到日本兵进城，一边跑一边脱警服，都骇得跌倒了，脸上全白了，他真胆小。”但在接下来的几天里，越来越多的人逃到了金陵学院，程瑞芳也开始明白那名警察如此惊恐的原因：
因日兵白日跑到他们家里抄钱、强奸。街上刺死的人不少，安全区内都是如此，外边更不少，没有人敢去，被刺死的多半是青年男子。
在南京投降后不到1 周，便有近1 万人睡进了学院的走廊，“如同沙丁鱼在盒子里”。不久后，明妮·魏特琳记录道：“现在大火映红了东北部、东部和南部的天空。每晚大火都将天空照得通明，白昼里浓烟滚滚，日本人的抢劫和破坏还在继续着。战争的结果便是死亡和凄凉。”在中国许多地方，外国人都能以旁观者的身份置身事外，但选择留在南京的这不到30 名西方人却发现他们已被卷入其中，在日军和手无寸铁的中国人之间筑起了一道缓冲墙。组织建设国际安全区委员会的西方人并非受过专业训练的官员或公务员：拉贝是一个商人，罗伯特·O. 威尔森是一名医生，斯迈思和魏特琳是大学教师。委员会成员推断，日本人会依据战争法行事，同时也迫切希望恢复城市秩序。如此一来，在南京的中国人和外国人都会从中受益。再者，委员会成员还希望能凭借自己的第三者立场赢得某种权威性。这不乏先例，因为他们是中立国家（包括美国和德国）的公民。他们都沉浸于天真的幻想中，虽然这种幻想并非毫无根据。北平和天津被占领时就没有引发混乱局面，即便是刚刚沦陷的上海，在国民政府撤退后，城市也只是陷入了一片死寂中。
但发生在南京的却是一幅完全不同的景象，从占领那一刻起，日军似乎就抛开了所有约束。在接下来整整6 周，一直到1938 年1 月，日军华中方面军的士兵们进行了一场以“屠杀、强奸和抢劫”为主题的狂欢。他们下定决心要将南京闹得天翻地覆，根本无意建立南京的新秩序，即便只是短暂的。在攻陷南京几天后，日方高级官员要求拉贝恢复一个发电厂的运转，使之重新发电以提供电力。拉贝非常希望维持城市秩序，所以他答应提供帮助。但他很快发现，在令人战栗的恐怖气氛下，他根本不可能招到工人：“日本士兵已经完全失控了。在这种情况下，我是不可能为发电厂招募到工人的。”
外国旁观者从南京被占领的第一天起就见证了那些惨不忍睹的场面。起初，日军的屠杀对象只是那些伪装成平民的军人，尽管他们根本没有认真区分过。任何中国人都可能成为下一个牺牲者。在那段日子里，步枪的射击声一遍又一遍响起，但相比起来，被射杀者甚至可称得上是幸运的。基督教青年会南京分会教长费吴生于12 月19 日记录道：
我……也曾到我们使馆的道格拉斯·金铿斯家，国旗仍在，但他的家仆死在停车房……街上仍有许多尸体，我们所能看到的全是平民。佛教慈善组织红卍字会愿意掩埋他们，但该会的卡车被偷了，用于送尸体火葬的棺材和若干佩戴会徽的工人都被弄走了。
