源赖朝的胜利是全国性的，他的军队横扫岛国大部分领土。在这以后，各地武士争相成为他的御家人。源赖朝担心像平氏一样被京城官员的巧言令色蒙骗，于是将总部设在镰仓。镰仓在今天东京以南48.2公里，位于源赖朝东部根据地的南部边界。源赖朝将他的政府称为“幕府”，以区别京都的文官政府。像藤原氏的摄政和太上天皇的院政一样，源赖朝设立的职位很少但很实用，并且都由他的御家人担任：一个职位负责掌管幕府武士家臣，另一个职位负责执行将军政策，还有一个职位负责司法。第三个机构的决议，逐渐汇集成一套习惯法，于1232年被编成法典，这个法典称为《贞永式目》。同时，源赖朝在各国任命军事行政官“守护”，在平氏和其他反对者的庄园里设置“地头”，武士们有权占有部分土地收入，剩余的收入作为税收或是收益缴纳给贵族庄园主。事实上，尽管武士们开始分享小部分的土地收益，但是旧式的税收制度大体上仍是完整的。
12世纪日本的封建主义
学者们通常认为源赖朝的统治标志着日本封建制度的开始。封建制度可以用三个标准来界定：主君和封臣的关系、按照军事服役授予采邑以及武士的伦理道德。这些标准适用于镰仓时期的日本吗？
组成源赖朝军队的骑马武士主要由家臣而不是亲族构成。源氏和平氏的统治最初都是大家族式的，与藤原氏和大和时代的贵族很像。虽然源赖朝的兄弟在他手下当将军，但他掌权后更加倚重家臣而不是亲族——他把亲族当成潜在的对手。横向延展的血缘关系让位给上下等级的君臣关系。
采邑制度的出现似乎不那么明朗。作为军事服役的交换，镰仓的家臣们可以从土地中获取收入，但通常只是战败的平氏和京都贵族们庄园盈余的一小部分。这些收入也许可以被定义为“财产”，但它不是通常意义上讲的“采邑”。作为被授予的封地，后者直到15世纪才出现。
但是，武士道德和行为规范的发展就明朗得多。1185年以前，这些准则已经在地方武装组织中发展了几个世纪。武士们十分看重军人品质，如勇敢、机灵、力量以及忍耐。他们给自己的剑命名，参加打猎、放鹰、骑射——在全速奔跑的马背上射箭。武士经常私斗（如果当时的军记物语可信的话），在参加战斗前，他们会把族人都召集起来，他们自视为践行“弓箭道”、“弓马道”和“武士道”等的军事贵族。佛教色彩浓厚的《平家物语》主要讲述了源平合战中的武士传奇：
一个平氏的将军问一个来自东国的御家人：“实森，在东部八国有很多像你们强大的弓箭手吗？”“你认为我是一个强大的弓箭手吗？”实森轻蔑地笑了，“我只能将弓拉开十三手宽。在东国，任何一个武士都可以做到。有一个有名的弓箭手，他拉开弓的距离都在十五手宽以上。他的弓是如此巨大以至于要四五个普通男人齐心合力才能折弯它。当他发射的时候，他的箭可以轻易地立刻穿透两三套盔甲。就算是一个小庄园的武士手下也有至少五百名士兵。他们都是大胆的骑手，从不落马，也从不让自己的马在哪怕是最崎岖的路上摔倒。战斗的时候，就算他们的父母和孩子被杀死，他们也不在乎，而是踏着他们的尸体继续战斗。”
