12世纪以前，日本历史上每一个新时代的到来都与外来新文明的引领有关：绳纹文化和弥生文化来自于大陆的移民，奈良和平安时代文化来自于对中国唐朝文化技术的借鉴。到了中世纪，情形有所不同。虽然国际贸易达到了新的高度，中国文化的进一步输入仍然起着重要作用，但根本的发展却是日本内部孕育已久的力量爆发的结果。
现代日本历史学家用“中世”（顾名思义，就是“中间的世纪”）指代奈良、平安时代至德川统治（1600—1868）之间的四个世纪。这几个世纪见证了贵族文官统治向武家统治的转变——武家统治一直持续到19世纪。这些武家建立的军政府叫“幕府”（字面上的意思就是“幕营里的政府”），掌权的武家首领通常成为“将军”。理论上，将军只是天皇政府的最高军事长官（事实上这个理论从未被彻底抛弃），但是，他实际上掌握着统治权。武家统治引起社会、经济方面的一系列变化，催生了新的文化形态。
京都朝廷的平氏政权
崛起的乡村武装力量于1156年首次侵入京都。当政的太上天皇的去世引发了一场另外一位太上天皇与天皇的权力斗争。双方分别召集了藤原氏的贵族和地方武装组织来支持自己。经过短暂的战争，以濑户内海一带为基地的平清盛一派战胜了以日本东部为基地的源氏一派。1159—1160年间的平治之乱中，平清盛再次受到挑战，但他又一次取得胜利。平清盛来到京都原本是要拥护天皇，但当他发现自己大权在握时，就开始操纵朝政，这在日本历史上是一个很常见的现象。
在平氏统治的数十年中，至关重要的一点没有改变——朝廷的贵族们仍然保持着他们中国式的朝廷职位，藤原氏的首领仍然担任着已经毫无意义的摄政一职，平清盛所支持的天皇被迫退位并只能控制皇族的机构和庄园。平清盛将他的女儿嫁给新的天皇，等他的儿子出生后，就逼迫天皇退位，然后自己以幼天皇的外祖父的身份进行统治。简而言之，平氏建立了一个凌驾于旧朝廷权力中心之上的层级来统治日本。
源赖朝的崛起
1160年平清盛占领了京都，但是还没有统一全国，京都以外的其他地方纷纷兴起武士团，他本人的权力也被太上天皇制约着。平清盛取得胜利之后，日益迷恋京都皇族优雅的生活方式，而逐渐减弱与濑户内海根据地之间的联系。平氏认为他们对朝廷的控制会跟藤原氏一样长久。与此同时，源氏在东部恢复了元气。1180年，源赖朝（1147—1199）响应皇子因不满现状而发起的军事号召，控制日本东部，发动了战争。1185年，平氏倒台，战争结束。
