到了20 世纪50 年代末，司法系统的运作受到政治的影响。大概在1958 年或1959 年，大多数地方检察院、公安机关和法院都合并成了统一的机构，这种现象被称为“公检法联合办公”。1966 年之后，很多地方的检察工作都陷入了瘫痪或暂停状态，直到1967 年或1968 年军方接管残余的司法机构后，这种局面才算结束。1971 年，在某些地方重新建立了检察院，但此时的检察院不是独立运作的机构，而是被置于军方的控制之下。还有一些地方的情况是，检察院在“文革”早期停止工作，但直到20 世纪70 年代初才被正式解散。虽然各地情况有很多不同，但总体形势就是腐败监管体制衰落，之后陷入瘫痪，继而彻底崩溃。在中央，最高人民检察院到1966 年8 月就基本上停止了运作。1966 年12 月，江青等极端分子要求砸烂公检法，到1968 年年底，司法系统被正式解散。中国共产党的纪律检查委员会也停止了运作，并在1969 年的中国共产党第九次全国人民代表大会上被撤销。
大约到了1978 年，司法系统得到了重建，重新开始运作。法院也恢复了运作，但在“文革”的混乱和政治内斗的环境中，法院正常的司法工作似乎陷于停滞，审理的经济犯罪案件数量一直维持在很低的水平。直到1978~1979 年开始实行改革之后，经济犯罪案件的审理数量才开始再度上升。
从1966 年到20 世纪70 年代末这一阶段内，偏低的犯罪案件起诉水平并不意味着腐败就完全消失了。相反，有证据表明，腐败一直贯穿这一时期。正如丹尼斯·伍德沃德（Dennis Woodward ）所指出的，虽然“左”派破坏了公检法机构，但根除腐败一直是贯穿“文革”时期的一个斗争主题，1969~1972 年在农村开展的各项群众运动中，反腐仍然是一个相当重要的主题。中国共产党第九次全国人民代表大会召开后不久，中国共产党在全国范围内掀起了“一打三反”运动，即打击反革命破坏活动、反对贪污盗窃、反对投机倒把和反对铺张浪费。在这场运动中，暴露的经济犯罪案件数量大幅上升，至少在几个有据可查的省份中，情况的确如此。但这场运动很快演变成了新一轮政治内斗，政敌之间动辄就被扣上了腐败的帽子。
虽然政府掀起了新一轮打击腐败的运动，但有一种与腐败相关的现象却在悄然蔓延，这种现象就是以关系为基础建立起的复杂人际网络，很多人利用关系“走后门”、搞特权、攫取利益。在20 世纪60 年代初自然灾害肆虐的艰苦时期，依赖内部关系搞特权的现象变得越发普遍。当时，食品以及其他物资长期供应不足，获得这些紧缺物资的唯一办法就是巴结那些控制着这些物资分配权的干部和官员。但是，在这种环境中，金钱几乎无法直接产生作用，而且随着私营部门逐步被撤销，私营部门里没有人愿意向官员行贿了，这与新中国成立初期的情况相类似。这样一来，“走后门”的主要途径就是培养关系、交换产品与服务或者在他人的产品与服务的交换过程中充当掮客。在某些情况下，关系是从社会关系中分化而来的，这种社会关系包括血亲、姻亲、老乡、校友、同事、战友以及共患难的人。人们还可以通过自己的小圈子同其圈子外的人建立关系，拓展人脉，扩大自己的关系网。通过施予恩惠和赠送礼物等途径也可以建立关系。一般来讲，在“文革”期间以及20 世纪80 年代，人们送礼主要是送一些常见的东西，比如白酒、肉、香烟，但由于当时物资紧缺，这些东西就显得十分珍贵。在当时那种政治监督十分严格的环境中，小礼物和小恩惠更加容易掩饰和隐藏。根据吕晓波在《干部与腐败》一书中的说法，关系对于获得参军、上大学、知青返城等方面的机会都起到了决定性的作用。所谓知青，就是被派到农村地区工作的年轻人，或者在“文革”期间上山下乡的知识青年。他们希望回到城市，回到他们之前的岗位上。即便在“文革”期间，被吕晓波称作封建“俸禄”的搞特权之风仍在蔓延，因为在当时，干部试图要求根据自己的级别享受相应的紧缺产品与服务。
