司法权问题对洋人活动的诸多限制是冲突的一个根源；另一个根源是法律实施的问题。中国的司法概念和实践与西方的大相径庭。在中国，不存在任何西方人所理解的“正当法律程序”，也没有律师作法庭辩护之类的东西，司法不是政府的一个独立机构，充任地方法官的不是别人，而是县官本人。官司和诉讼被认为是一个人缺德的表现，而非其正当权利的维护。在刑事案件中，一个被告在证明是清白之前即被认为是有罪的，而在杀人案中遵循的原则是“一命抵一命”。中国人的伦理观念允许父亲包庇儿子、儿子包庇父亲，而不是将其呈送司法审判；而一人犯案有可能使邻里间好几家人被牵连。对在广州和澳门的外国人来说，所有这些都是“奇怪”而“野蛮”的。
“负责原则”是另一个导致摩擦的根源，正如皇帝理论上要对天下发生的一切负责一样，总督对其辖区内发生的所有事端负有责任，包括水灾或洋人扰乱等事。为求自保，总督会无情地通过最严格的规程来约束外国人。将这一原则推而广之，那么，行商就有责任“担保”洋商行为得体，而外国社会的领袖就有责任管束他的同胞，并将应中国官宪之请交出案犯，无论在具体案件中洋人自己的判断如何。
中国政府坚持，在中国犯罪的洋人应按中国的法律受审。但另一方面，外国人则要求不受中国法律的制裁，这倒并不是因为他们否认属地管辖的普遍原则，而是由于中国法庭处置案件的“奇怪”方式和判决的严峻。事实上，涉及洋人的民事案件是非常少的，因为洋商与中国百姓之间没有什么接触，而行商与洋人之间的纠纷则基本上通过谈判和仲裁得到解决。同样，卷入刑事案件的洋商即使有也非常之少，这些案件较多发生在水手身上。当确实发生刑事案件时，那些双方都涉及洋人的案件会通过下列三种方式中的一种来处理：（1）中国法庭审理案件，但将罪犯送交他自己的国家接受惩罚，如1754年一名法国人杀死一名英国水手一案，该法国人被中国法庭判处绞刑，行刑则在他被送回法国后由法国政府来执行；（2）中国法庭审判案件并在中国执行判决，如一名英国水手因杀死一名葡萄牙水手而被判绞立决；（3）如罪犯逃逸，中国法庭将对此人判刑，并将判决转达此人本国的政府来行刑，如1830年一群英国人殴杀一名荷兰水手而后逃往印度一案。在该案中，两广总督判首犯绞刑，从犯各鞭笞百下，但将判决呈达英国执行。
在牵涉到中外双方人等的案件中，如果罪犯是中国人，将毫不宽宥地执行法律，其速度和公正性是无懈可击的。一个恰切的案例是1785年一个中国人杀死一名英国水手一案，这名中国人立即被判刑绞死。如果罪犯是洋人，也将采取同样的做法，如1784年的英国船舶“赫符斯号”（Lady Hughes）一案。是年11月24日，这艘港脚船在鸣放礼炮时，意外地炸伤了三名中国低级官吏，其中两人随后死去。广州当局责令交出炮手，而当知道炮手已潜逃时，便拘押了该船的大班史密斯（George Smith），包围了商馆，并中断了贸易。直到在“赫符斯号”船上找到该名炮手并押解给中国官宪之后，那位大班才获释，贸易也得以恢复。随后那名炮手被绞死了。
