黄兴发电驳斥庄电后，上海《申报》更以《去争篇》为题发表长篇社论，其中称赞庄、孙二都督“谋国之忠”，同时又攻击孙中山等人“阳托参议院之议决，而阴以遂其胁制之私，置满蒙回藏于不顾”。
风头正健的章太炎更是抓住机会大唱反调，他宣称南京地处偏倚，备有“五害”：一是威力不能及于长城外；二是北民化为蒙古；三是日本、俄国侵及东三省，中原如失重镇，必有土崩瓦解之忧；四是清帝、宗社党、蒙古诸王可能作乱，致使国家分裂；五是迁都耗费巨资，难以筹划。在论证了南京不能为“首善之居”后，章太炎含讥带讽地说：谋国事者，当规度利弊，顾瞻全势，而不可以意气争也。
宋教仁与孙、黄等人的看法也不尽相同。宋曾于1907年亲入关外联系东北马匪革命，深知日、俄窥我万里北疆已非一日，而此时俄、日正积极推动满蒙独立。从国防外交及东北边疆的战略地位考量，定都南京鞭长莫及，实非上策。
在舆论的煽动下，各省都督、绅商代表也纷纷致电南京临时政府，对定都南京大表异议。就连一贯主张建都武昌的黎元洪，这时也改口支持定都北京，“以免酿成大患”。
反对声浪中，革命阵营也有湘桂联军发电反驳，但南京军界中的一些重要将领如浙军司令朱瑞、粤军司令姚雨平、第一军团长柏文蔚、光复军司令李燮和等人以更大的声音发表联名通电，主张临时政府建都北京为妥。
中国之所谓“南北”，大体以江淮为界，南北双方人民固然有风俗、气质、习惯等诸多差异，但历史形成的惯性仍趋于一统却是不争的事实。武昌起义后，南方各省全线独立，北方大体上仍在清廷控制之中，由此形成了政治地域上的“南方”、“北方”，军事对立上的“南军”、“北军”，乃至政见上的“君宪”、“共和”之冲突。这种潜在的矛盾，即使在清帝退位后仍继续存在，“定都之争”乃至之后王芝祥的“督直之争”（后叙），都是这种对立心态的延续性反映。
在此期间，南京临时参议院更是演出了这样一出活剧：2月14日，议员们对定都南京一事举行投票，结果出人意料，其中竟有20票主张建都北京，远远高于孙中山所主张的建都南京[14]。时在总统府秘书处工作的吴玉章回忆说，这次投票，革命党人占据多数，是完全可以根据孙中山的意见通过建都南京的决议的，不料当天有个革命党人李肇甫在会上大放厥词[15]，说了一通迁都北京的必要，“结果赞成迁都北京的人便占了多数”。
