在处理不当便会决裂的情况下，清廷不敢怠慢，他们抛开需要三天才能处理的通常程序，而是以特事特办的最快速度来了结此事。在经过一番紧急的磋商和请示后，5月31日的清晨2点，总理衙门通知英国公使窦纳乐，告诉他们外国公使馆的警卫队可以进驻北京。这个通知时间抢在公使们限定的时间前，暂且避免了外交甚至是军事上的决裂，也保全了清廷那点可怜的体面。清廷之所以批准了使馆卫队入京，原因不外乎两条，一是1898年有使馆卫队入京的先例；二是使馆卫队的人数有限，应该不会造成很大的麻烦。因此，总理衙门要求各国卫队的人数不得超过30人，这也是1898年的先例。
可惜的是，洋人并没有把清廷的人数限制放在眼里。就在5月31日的当天傍晚，第一批使馆卫队从天津登上火车前往北京。据美国公使康格的夫人记载，这次美国方面来了56名海军士兵，他们带着一挺速射机枪；英国士兵75人；法国士兵75人；日本士兵40人；俄国士兵75人；意大利士兵40人，共计361人。从火车站到公使馆，警卫队没有遭遇到任何不快的事情。
关于使馆卫队的人数问题，各方记载不一，《西巡回銮始末记》中记载：“英水师兵八十人，俄法水师兵各七十五人，美水师兵五十人，意兵三十人，日水师兵三十人。到时，所过街市，观者为满。昏夜间，华人不能知其实数，遂以为西兵大至。六月三号，本日午车又运来德水师兵五十名，奥水师兵三十五人”。这样算来，第一批卫队是340人，而据意大利公使萨瓦戈记载，第一批使馆卫队为337人；至于德国和奥地利的士兵，他们在在6月2日才到达北京，但这个数字也都记载不同，譬如萨瓦戈记载是德国52人、奥地利37人。综合下来，卫队的人数应该在450人左右。当然，我们没有必要在数字上过多纠缠而只需确认一个事实，那就是洋人的卫队已经进入了北京并开始执行保护使馆的任务。
各国卫队的进驻让外交官们暂时感到了安全，但北京周围的局势却并没有好转的迹象。就在使馆卫队到达北京的当天（6月1日），两名英国传教士在北京以南的永清县被义和拳所杀。由于北京到保定的铁路遭到义和拳的焚毁，当时承担卢汉铁路建设的比利时工程师一行人在恐慌之中逃亡天津，在途中遭到了义和拳的攻击，其中有两人被杀，而这也是义和拳第一次杀害传教士之外的外国人。
由于比利时在中国没有军队，于是他们请求俄国公使代为提供帮助。随后，俄国公使格尔思派出了一小队哥萨克骑兵前往搜索援救比利时人，但在途中与义和拳发生冲突，其中的一名军官被杀，另一名士兵被割了鼻子。此事发生后，英法公使们既感到震惊，又不免有些幸灾乐祸。英国公使窦纳乐认为，“欧洲军人在拳民面前不得不退却这一事实将引起极坏的影响，因为它将使中国百姓更加相信义和团的所谓神力”；而德国公使克林德在同意这个观点的同时，却暗中讥讽哥萨克骑兵过于轻敌：“他们一天劳累后，狂饮伏特加，然后在一个农民家中呼呼大睡，连岗哨都没有设”。
坏消息接踵而至。公使们通过各种渠道了解到清廷对义和拳的态度似乎在发生转变。在6月6日的上谕中，清廷虽然对义和拳破坏铁路和社会秩序等行为严加斥责并恫言剿杀，但在上谕的开始却声称“民教”失和的原因在于传教士干涉词讼。公使们通过各种渠道了解到，清廷对于北京外围的义和拳似乎打算采取招抚政策，这大概是从赵舒翘、何乃莹出城前往涿州一事所推测出的，而这似乎又证明了那些仇外守旧派在清廷中的日益占据上风。
据康格夫人的记载，从6月7日开始便不断有传教士来到使馆并要求康格派卫队去保卫他们，但康格认为将士兵化整为零将是一个极不明智的做法，于是他提出了让传教士全部集中到公使馆中来的建议。随后，通州等地的传教士带着他们的教民陆续来到北京使馆或教堂避难，各使馆也开始为紧急情况而储备淡水和食品，在此情况下，公使夫人们（英、美）都急于将自己的孩子送到日本（后因局势混乱而未果）。
