烹饪的过程对食物本身的营养素会产生一定的影响，使其通过物理或化学反应，要么变得使人更易吸收，要么改变了其原有的性状。具体而言，是菜肴内部各元素的反应及调味品作用，与其原有营养之间的反应。
1.蛋白质变性
蛋白质的变性是指蛋白质分子复杂严密的天然结构，在外界物理或化学因素的作用下发生变化，从而引起蛋白质分子性质的改变和生理功能的丧失。变性的蛋白质分子中维持天然结构的副链被破坏，多肽链伸展开，使结构变得松散。
松散的多肽链之间可借副链的作用互相聚集并缠绕在一起，形成新的蛋白质凝胶，这就是凝固。通常蛋白质发生凝固，即是蛋白质成熟的重要标志，同时也决定着蛋白质的成品形状。对于动物性菜肴来说，肉质口感老嫩程度是评价蛋白质的一个重要质量标准。一般为口感老嫩程度恰到好处的肉类菜肴，也即蛋白质变性程度较好而最为有利于消化吸收。
大多数变性凝固的蛋白质不能溶于水和有机溶剂中，这是不可逆的变化，如鸡蛋加热凝固、牛奶制成酸奶等均不能恢复原状。但肉冻中的明胶加热成溶胶，温度降至室温就凝固成冻胶，这是由于明胶的溶胶和冻胶间具有热的可逆性，使肉冻能反复溶化或凝固。
在烹饪加工中，很多蛋白质的变性引起良好的物态变化。变性的蛋白质具有一定的稠度，易被酶分解，有利于机体消化吸收。凝固后的蛋白质加工效果较好，如烹饪中常用卤牛肉、烧鸡、松花蛋等来制作各式造型逼真、切题寓意的花样，以增添饮食文化的气息。
引起蛋白质变性的因素很多，物理因素主要有温度、红外线、微波、强烈搅拌等，化学因素主要有酸、碱、盐、有机溶剂等，生物因素主要有酶等。
2.蛋白质水解
凝固变性的蛋白质如果在水中继续加热，将有一部分蛋白质逐渐水解，形成蛋白、蛋白胨、多肽、低肽等中间产物，这些多肽类物质进一步水解，最后分解成各种氨基酸。如用文火炖肉或制汤，肉质及汤汁格外细嫩鲜美，就是这个道理。
