凡是想出海的商人，必须首先要在自己的户口所在地开具证明信，即“保结”，主要内容是这个人是商人，是好人，要去进行海外贸易；然后向所在地省市政府（道府）提出申请，得到批准后由海防机构发给船引，即通行证。当然，这也是官方的纸面上的操作程序，实际上，只要有牙商（中介商人）、洋行（专门经营海外贸易的机构）出面作保，就可以申请到船引。船引需要填写限定器械、货物、姓名、年貌、户籍、住址、向往处所、回销限期（也就是多长时间内必须回来）等内容。船引需要海防官、府道备案，回国后双方还要对照查验是否按照船引行事。
紧随其后就要缴纳营业税，即当时被称做“引税”。起初规定一张船引纳银3两，之后上升到6两。
政府还对出海船只数量进行限制，起初每年船引总计50张，1575年增加到100张。
对外贸对象国也进行了限制。规定除日本以外，可以前往东、西洋，以婆罗国（今天的文莱）为界，以东为东洋，以西为西洋。
月港开放只针对漳州、泉州两地的商民，其他地区的海外贸易仍然被禁止。即使明朝政府如此限制对外贸易，小小的月港在税收方面却突飞猛进。
月港开放，名曰开放，实质上仍然是禁海，福建巡抚许孚远曾一语道破其中的天机：“于通之之中，寓禁之之法。”简单地说，就是将无法控制和消灭的走私转化为可以控制的公开政策。此政策使走私贸易在几十年间得到了控制。然而，因为月港开放只针对漳州、泉州两地的商民，大部分人仍无海外贸易的权利，海盗、走私问题也就不能完全解决。最终到了明代末年，明朝的政权竟要靠海盗来保卫。海盗问题自古就存在，但明代后期则日趋复杂化。之前的海盗主要是中国人，元代才出现了倭寇问题，而明代末期随着欧洲强国的相继东来使这一问题复杂化。面对复杂的问题，明政府还是抱着“花钱买太平”的政策，希望用贸易来制衡全新的敌人。其结果就是造成邦交国大量减少，中国首次将海外贸易主导权让给了别人。
