抗战期间，孔祥熙长期兼任财政部长和中央银行总裁，为从财政上支持抗战做了许多工作，“苦心维持”云云，则是对孔祥熙的抚慰。当时，宋子文很想安排自己的亲信担任中央银行总裁，曾向蒋表示，中央银行总裁必须由自己推荐，否则将不担负行政责任，暗示将不出任行政院长。但蒋不为所动。 7月25日，蒋介石召宋子文谈话，告以“中央银行总裁人选，非绝对服从余命令，而为余所信任者不可，以此二十年来所得之痛苦经验，因此不能施展我建军、建政，而且阻碍我外交政策莫大也”。孔祥熙在兼任财政部部长和中央银行总裁任内，始终不肯将中央银行的实际存款数字告诉蒋介石，致使蒋在1944年向美方“强制要求”援助，导致中美关系紧张，“几至绝境”。蒋介石想起这段历史，对孔祥熙更加不满，深悔撤孔不早。日记云：“庸人不可与之再共国事矣。撤孔之举，犹嫌太晚矣。”
与俞鸿钧接任中央银行总裁的同时，宋子文则接任孔的“四联总处”副主席。至此，孔祥熙在国民党党政系统中的重要职务，几乎全部失去。7月28日，蒋介石日记云：“免除孔庸之中央银行总裁之职，实为公私兼全与政治经济之成败最大关键也。”所谓“公”，指的是当时国民党和国民政府的统治；所谓“私”，指的是蒋介石本人和孔祥熙之间以及和宋霭龄、宋美龄的关系。蒋介石要“公私兼全”，自然不可能有彻底的调查和公正的处理。31日，蒋介石日记再云：“免除庸之中央银行总裁与改组行政院实为内政重大之改革也。”
傅斯年于1938年3月上书蒋介石，认为孔祥熙担任行政院长“作来一切若不相似”。此后，傅斯年一直走在“反孔”前列。1938年7月，1939年2月、4月，1944年6月、9月、11月、12月，傅斯年多次致函蒋介石，揭发孔的腐败贪污等问题，并在国民参政会上大声疾呼：“办贪污首先从最大的开刀。”（杨天石《傅斯年攻倒孔祥熙》，《抗战与战后中国》，中国人民大学出版社2007年版）至此，傅斯年算是大获全胜，功德圆满了。7月30日，傅斯年会见蒋介石，蒋肯定傅的揭发，表示“极好”。8月1日，傅斯年致函夫人俞大彩，高兴地写道：“老孔可谓连根拔去（根是中央银行）。”“老孔这次弄得真狼狈。闹老孔闹了八年，不大生效，这次算被我击中了，国家已如此了，可叹可叹”。
