尽管他不赞同共产党的阶级斗争理论，但那并不是他理论锋芒的主要指向。他当时所要着力反对的，恰恰是国民党当权派因清共而脱离民众、丧失革命精神的官僚化的腐败倾向，因此决不能因为借反对共产党的阶级斗争理论就包容官僚士大夫来腐化国民党。他认为“士大夫”乃是一种“观念生活阶级”，“这观念生活阶级在中国从来是统治阶级的一端。他上面连缀于统治阶级的军阀，下面抑制着被统治阶级的庶民。他的地位，和古代的巫觋祝宗，和后来的封建贵族相当。它的构成，是官僚和地主。它在经济上是剥削者，在政治上是支配者。”“地主、士大夫、官僚三者形成一个连环，深植其基础于劳苦农民的上面。”这种种言论，引起国、共两方的不满。
1929年底，开办新生命书局。次年应上海商务印书馆总经理王云五之约，重返商务印书馆，任总经理的中文秘书。是年著有《中国之家族与婚姻》、《中国封建社会史》、《辩士与游侠》、《西汉经济史》等书；翻译奥本海（Franz Oppenheimer）的原著《国家论》、《马克思经济学说的发展》，及《各国经济史》（与萨孟武、樊仲云合译）；另外编辑了着重讨论中国社会性质问题的《中国问题之回顾与展望》。他曾为商务印书馆写了一本《五权宪法》小册子，未出馆即为南京国民党中央党部下令禁止。这是父亲一生中唯一一本已印好而未能面世的书。
那段时期，学术界有个流行的社会思潮，凡参加讨论中国社会史者，无不以正统马克思主义、辩证唯物论者自居，而排斥他人。父亲也用功选读马克思与列宁的著作，以及批评马克思主义的著作，他的思想方法接近唯物史观，却并不是唯物史观。他重视马克思、恩格斯的作品，更欣赏考茨基的著作，用心读过他的《基督教的基础》。然而他的思想方法仍不局限于此，他用的是社会的历史的方法，简言之即社会史观。父亲的北大学生何兹全曾说：“他标榜唯物史观、辩证法。使他成名的、在学术上高出别人的，确是辩证法和唯物史观。当然他的史观是不纯的。正统的马克思主义者，当时都在战场上和在地下，郭沫若、侯外庐、吕振羽等没有机会也没有可能进入北大。”
1931年1月，应聘南京中央大学（校长朱家骅，法学院院长郭心崧、政治系主任杭立武、法律系主任谢冠生）为法学院教授，在政治系讲授中国政治思想史，在法律系讲授中国法律思想史，同时在新生命书局出版的《社会与教育》周刊上，为文讽刺及批评时政和教育政策。由于言论过于尖刻煽动，上海市党部向党中央检举他是反动分子，中大校长朱家骅不胜压力，向党政高层征询意见。教育部次长陈布雷（代理部务，部长由行政院长蒋中正兼）说：“我见过此人，他没有别的，只是锋芒太露。”这件事后来由陈果夫、陈立夫二人出面协调，终得消弭。
8月，北上应聘母校北京大学（校长蒋梦麟，文学院院长胡适，法学院院长周炳琳，政治系主任邱昌渭）为法学院教授。学校尚未开课，“九一八”沈阳事件发生，学生情绪激昂，应邀至北大、师大演讲，以“国民外交与国民战”为题，提出“全民抗战”的口号。此后在师范大学史学系、北平大学法商学院政治系、燕京大学社会学系、清华大学政治系、朝阳大学法律系担任兼职教授，致力于法制社会史及政治思想史之教学与研究。
1932年，除授课之外，专心研究中国政治思想史。出版《中国政治思想史》第一、二卷。这年1月29日，汪精卫到南京就任行政院长，宋子文任副院长兼财政部长，蒋介石任军事委员会委员长。
1933年，出版《中国政治思想史》第三卷。1934年，出版《中国政治思想史》第四卷。其时持续了5年的社会史论战已接近尾声，父亲觉得与其在理论上争个你死我活而得不到结论，不如退而从书本着手，埋头寻找支持理论的脉络。12月，他创办《食货》半月刊，主张以史料的整理与分析为基础，根据史实立论重写中国社会史。他呼吁思想界与史学界讲究正确的方法，搜集社会经济史料，以寻找社会发展的历史法则。他在《食货》创刊号的《编辑的话》里写道：
