严复辞职后的三年，北大校长换了三位，北大还是北大，师学们一边教书学习，一边逛八大胡同，一边还关心着政治。
从洋务运动、戊戌变法到袁世凯称帝，一直盛行一种思潮--想通过国家的力量、强权的力量最大限度地实行社会总动员，建立一个统一、富强、独立的国家--这么一条思路，我们把它叫做“国家主义思潮”。也就是为了国家的独立和富强，必须牺牲个人的自由。在这样的背景下，“尊孔教”被提了出来。
——北大中文系教授钱理群
1907年，鲁迅在《文化偏执论》中讨论怎样实现国家现代化，认为光有国会不行，光有物质不行，要“立人”，而且要“排众数而任个人”。鲁迅这篇文章发表后，个人主义思潮和科学精神暗暗涌动，开始动摇专制原则。
1913年，中国出现了一次留美高潮。两年后，留学生创办《科学》杂志，第一次使用横排版，第一次使用标点符号。陈独秀在《爱国心与自觉心》中说，爱国不是爱军阀国家，要提高老百姓的自觉性，必须兴办杂志。
李大钊比较法俄革命，认为法国革命是“国家主义”，俄国革命是“爱人”，中国应该走俄国道路。留美学生胡适也写文章说，一个国家没有军舰不要紧，但不能没有大学。
戊戌变法刚刚失败的时候，蔡元培已经认为，靠光绪皇帝，没法振兴中国，应该为未来培养大批人才，于是他辞去翰林头衔，下江南，兴办新式教育，从此跟教育结下一生之缘。1912年，蔡元培出任教育部长，因为袁世凯越来越专权，他决定退出内阁。4年后，袁世凯病逝，远在欧洲的蔡元培接到教育部长电报，希望他担任北大校长。这是蔡元培施展远大抱负的天赐良机，同时他也面临着严峻的挑战。
北大校政腐败，远近遐迩，革命党反对蔡元培介入是非之地，吴稚晖和汪精卫就是反对派。当蔡元培邀请他俩同来北大相助，两人明确拒绝。
支持蔡元培的，只有孙文。要想让死气沉沉的北方策应南方革命，北大能否转变，事关重大，所以孙文竭力主张让蔡元培立即赴任！
1917年1月4日，是蔡元培到任的第一天。北大校工在驸马府列队行礼，蔡元培一反先前校长目中无人的老爷派头，脱下礼帽，向校工庄重鞠躬，这使校工和学生们大为惊讶。
蔡元培首先要为北大物色一位文学院院长，他决定聘请陈独秀。
陈独秀因为宣扬新思想和新文化，名声大噪。蔡元培入主北大的时候，陈独秀刚好进京，住在前门中西旅馆。蔡元培三顾茅庐，执意邀请，陈独秀终于答应来北大试试，同时他把《新青年》杂志一并带进北大。
蔡元培是国民党元老，他完全可以预料到，陈独秀一定是新文化运动的旗手，但他一定没有想到，陈独秀不仅是五四学潮的总司令，而且还缔造了中国共产党。
