国子监是中国古代最高学府，但只学习儒家经典，而且不招收七品以下官员的子弟。直到戊戌变法，为了宣扬新知，改革派创建“京师大学堂”，这才有了新的最高学府。改革派领袖梁启超，代表军机处和总理府，草拟了一份办学章程，明文规定“中西并用”，而且专门设置了西语系。
1902年，在慈禧和管学大臣支持下，京师大学堂恢复运行，清朝政府每年拨发20万两白银，其余费用由各省分摊，各省保送学生入学，要为他们治装，出路费，提供全额奖学金。总之，衣食住行全是公费，毕业相当于科举进士。当然，在学习西学的同时，他们必须尊孔读经。
不过，京师大学堂毕竟是改革的产物，学生们自认为应该继承太学传统，以天下兴亡为己任。1903年，俄国对东北提出领土要求。京师大学堂学生不顾高压，集会抗议，组织“抗俄铁血会”。他们要学古代太学生，“伏阙上书”，这便是北大历史上第一次学潮。从此以后，北大总是跟政治风潮密不可分。
第二年，京师大学堂派出第一批留学生。1905年，国子监和科举制度寿终正寝，京师大学堂完完整整成为晚清唯一的最高学府，下分文、法、理、工、农、商、医7个学院。此外，它还负责管理其他学校，编译教科书，绝非一般意义上的普通大学。
京师大学堂出过不少大名鼎鼎的人物，比如说，植物分类学在中国的奠基人胡先骕博士，还有司法部长张耀曾教授。不过，总的来说，京师大学堂还是国子监的变种继承。许多学生是八旗贵族，每个学生带一个听差，上学只是为了升官发财。那时上体育课，老师要给学生先鞠一个躬，喊一声“老爷”，然后再恭恭敬敬地喊，“老爷，向左转”，“老爷，向右转”！
除了校政陈腐，经费不足也是大问题。严复当校长的时候，教育部以缺少经费和管理不善为由，建议停办北大。年近六十岁的严复四处奔走，筹措资金，北大才得以维持。
严复对北大进行了初步改革，废除尊孔读经。不过，蔡元培执掌北大之前，北大并不是新思想和新文化的中心，而是学生们升官发财的一截梯子。蔡元培的贡献在于，他把改革不彻底的北大，变成了学术至上的大学。每年，它都通过择优录取的方式，获得合理的求学者。如今这种勤学苦读的场面，早在80年前，就已经形成，这正是蔡元培校长苦心经营的。
当年北京人曾经调侃，说常常光顾八大胡同的，大多是“两院一堂”的人。“八大胡同”是老北京的红灯区，“两院”指的是民国参众两院，“一堂”指的就是京师大学堂！
——历史学家顾颉刚
