问题是，不管是靠真正的拳脚还是靠所谓的法术，面对现代化的武器，都属乱弹琴。与其说它面临了全新的敌人——帝国主义势力，不如说它面临了全新的文明——现代西方文明。用中国百姓最愚昧最传统最落后的文化瞳孔去观照现代西方文明，那可真是刘姥姥进了大观园。
义和团除了对于西方及西方文明这样全新的对手与文明蒙昧以外，对于自己的政府这样古老的传统敌人，居然也懵懂转向，提出了一个不伦不类的口号——扶清灭洋。扶清干嘛？灭洋又干嘛？
更滑稽的是，清政府面对义和团，也拎不清了。正常的政治改革，政府一直启不动，可是面临西方势力的高压与西方文明的渗透，政府又想不出什么更好的对策。戊戌变法失败了，上层的政改努力泡汤，政府转而动员上了义和团这种最底层最愚昧的力量。按常识与惯例，政府绝不应该这么干的。为什么最后偏偏就干上了呢？道理很简单。慈禧太后正在家里下一盘很大的棋（当然，由于体制的缺陷，她也难免做近臣的棋子）：自从戊戌政变后，太后就让光绪生了病，并且让这病越来越严重，所以光绪若意外死亡或者突然死亡，应该无人怀疑与反对的。但是境外别有用心者先就不干了，英国公使窦纳乐以半官方的身份通知总理衙门：“我坚信，假如光绪皇帝在这政局变化之际死去，将在西洋各国之间产生非常不利于中国的后果。”列强高压下，西医被派进中国皇宫给光绪皇帝看病，并宣布病无大碍。于是太后只好收手。但是，谋害不成，废掉总成吧？没想到大家还反对。两江总督刘坤一公开发电：“君臣之分久定，中外之口宜防。”李鸿章传话：“危险万状，各国驻京使臣，首先抗议。各省疆臣更有仗义声讨者”，“为害曷可胜言”。朝廷中一些官员更是说：如果废帝，则“南省耗接之下，必有造反之意”。这让老太太很不爽，太伤自尊咧！
就在老太后最郁闷的时刻，义和团起来了。当然，政府对于这种民间力量，既是犹豫的也是矛盾的。又想利用，又怕引火烧身。这种犹豫与矛盾，导致了地方官员的为难。山东巡抚毓贤就是典型的例子。按照常识与惯例，对义和团不外是格杀勿论。可是现在，政府又想利用他们。何况自从中法战争前后，在清流派的叫嚣下，中国出现了所谓的爱国主义与民族主义情绪，清政府的各级官员多少有了那么一点爱国意识与民族主义意识。进一步说，除了公愤，中国官员与西方还有很多的私怨。于是，喊着扶清灭洋口号的义和团，受到了部分官员的扶持。中央有载漪、刚毅等守旧大臣，地方有毓贤这样的封疆大吏。或者说，毓贤就是跟着上面走的。
政府与义和团的这种暧昧关系，很让西方不满。特别是山东这个重灾区，让西方直接对山东巡抚不满起来。他们强烈要求中国政府撤掉毓贤，换上袁世凯。在他们眼里，袁世凯是个能干的人，山东的秩序也有赖于他才能恢复。
