从袁世凯这方面来说，督办军务处被裁撤，荣禄从此成为他的直属上司。在天津谒见新上司期间，致小站代他主事的徐世昌的信中，他说荣禄“相待甚好，可谓有知己之感”。除此之外，还可以发现袁世凯这种做事的人，对官场应酬及人浮于事的反感。信中说，由于光绪与太后要去天津阅兵，时间已不足两月，但是“诸公互相推诿，办事人多，每有此弊也”。还有，“在此惟奔走应酬，实属无谓，几乎不暇搦管”。
政变之后，荣禄被任命为军机大臣，管理兵部事务，仍旧节制北洋各军。裕禄被任命为直隶总督兼北洋大臣，帮办北洋军务。再之后，政府又发布上谕，进一步明确荣禄的军权与地位：“现当时事艰难，以练兵为第一要务，是以特简荣禄为钦差大臣，所有提督宋庆所部毅军，候补侍郎袁世凯所部新建陆军以及北洋各军，悉归荣禄节制，以一事权。”细心一点的话，会发现北洋在此谕旨中由三军变成四军了，多了宋庆一部——毅军。
也许，袁世凯更能领会与贯彻这份上谕的精神——以一事权。他给荣禄建议：驻直隶的毅、甘、武毅、新建陆军，四军互不统属，不能联络一气，不如合编为武卫军，由荣禄统领。并由荣禄另募万人做亲兵。荣禄不傻，自然接受。于是，上奏清廷得到批准，把北洋四军整编扩建为武卫军，分前、后、左、右、中五军。中军招募八旗旗丁1万人，组成后驻扎北京南郊南苑（今北京大兴），由荣禄兼领，相当于他的亲军了。前军是直隶提督聂士成的武毅军，驻扎天津附近的芦台（今天津宁河），兼顾大沽、北塘，扼守北洋门户，兵额1.6万人。军队受德国洋员训练，军队装备也好，只是军纪不咋地。后军为甘肃提督董福祥统率的甘军，多数为回民，兵额大约1.1万人，驻扎蓟州（今天津蓟县），并担任通州一带防务。左军为四川提督宋庆统率的毅军，兵额也是大约1.2万人，驻扎山海关内外。袁世凯的新建陆军被编为右军，原兵额只有7000人，被荣禄允准可以再扩编3000人，也达到1万人的标准，驻防天津小站。虽然改名为武卫右军了，但由于其他各军还是旧军编制，所以一些文书中仍称其为新建陆军，以示与其他各军的区别。五军共约官兵6万余人。
武卫军的编成，有两大亮点。第一，军队的统率，由过去督抚或者某个个人筹饷练兵并指挥军队的传统方式，改为由中央派员筹饷练兵并直接指挥。也就是说，军队由某种意义上的地方军，变成了中央军。二是对于原先的落后编制与装备进行了改造，一定程度上具有了新军的气象。当然了，这种新是有限度的。前面说过，1898年（光绪二十四年）秋天，英国海军少将贝思福访问中国，参观了武卫军，在他看来，按照西方标准，袁世凯的部队是大清帝国唯一装备齐全的军队。此外，他在中国军队中发现许多管理很差的事例，多数情况是粮饷不足，除少数例外，全部缺乏纪律与训练。甚至装备较好的部队也往往因训练不足而失去价值。贝思福在士兵行列中数到十四种不同类型的枪，其型式之繁杂，几乎是从连发的温特斯特枪和毛瑟枪直到前膛装子的抬枪都有。而且连这种杂凑的枪也很少能实弹射击。因为，除袁世凯的士兵以外，军队极少甚或不做射击演习。
