夺皇位的朱棣，最怕的其实也是“遗臭万年”四字，触他这个“忌讳”的，便是大明开国功臣刘伯温之子刘璟。靖难之役中一直作为建文帝“高参”的刘璟，在战争结束后逃到家乡避祸。朱棣本想拉拢他，他却避而不见，之后朱棣派兵将他逮来，他却不慌不忙，见面劈头就说：“殿下（朱棣）就算是百年以后，还是逃不过一个‘篡’字。”大怒的朱棣将刘璟逮捕下狱，刘璟宁死不屈，在狱中自尽而死。一代智囊刘伯温的膝下两子，至此全部殉难（刘伯温长子刘琏被胡惟庸逼死）。
被忠臣们搞愤怒了很多次的朱棣，其实确实面临一个矛盾。他起兵反抗建文帝时，打出的旗号是“清君侧”，即自己不是要夺取皇位，而是要效仿上古周公辅佐成王的典故，消灭昏君建文帝身边的奸臣。从战争的开始到结束，这一直是他的宣传口号，包括见到被俘的方孝孺时，他依然这么说，但方孝孺却反问一句：“如果你是周公的话，请问成王（借指建文帝）在哪里呢？”朱棣当场卡壳了，建文帝早就在南京城破后下落不明了，自己还做的哪门子成王？可这么大的漏洞，株方孝孺十族也没法补。按照《万历野获编》的记录，朱棣的办法，就是改变了中国儒家千年的一个祭祀传统，即将宗庙里作为主祭祀位的周公像，搬到侧面位置上，以此来淡化“周公”论。从此时起，没有周公，只有皇上。
与各种屠戮手段相结合的，就是朱棣在即位初期大行“告密风”，即鼓励民间揭发“建文余党”，有揭发者一律重赏。比如淮安一个叫丁玉的渔民，就借着乡邻祭祀的机会，诬告乡亲们结社谋反，导致数十乡亲被杀，他自己反而官升御史。到永乐二年（1404），全国闹得告密成风。是年二月，御史李至刚劝朱棣说：而今民间那些争着揭发“建文余党”的，无外乎是三种人，一种是家境贫寒，想靠告密来免赋税的；一种是奸诈小人，求升官发财的；还有一种，就是受朝中官员指使，收钱陷害他人的。朱棣随即下诏书，声明“告密”必须有真凭实据，查出有诬陷三四个人的，要处三年以下徒刑；诬陷十个人以下的，处十年以下徒刑；诬陷十个人以上的，凌迟处死。
尽管鼓励告密的朱棣，采取了种种补救，来防止告密中的诬陷情形，但永乐一朝的告密之风，依然持续近十年。它的戛然而止，是因为永乐九年（1412）的一次“意外事件”。是年科举，“建文余党”练子宁（被朱棣“瓜蔓抄”杀害）的儿女亲家钱习礼考中进士，因成绩优异被朱棣选为“庶吉士”，却很快遭人告密，挖出了他这桩“老底”。但得知真相的朱棣，非但没有处罚钱习礼，反而不以为然地说：“就算是练子宁本人活到今天，我依然会重用他，何况是他的儿女亲家？”自此之后，告密之风渐息。
